一、猪的毛色与生产性能(论文文献综述)
孔彩华,刘克娜,王钦,隋世燕,龚绍荣[1](2021)在《保山猪和杜×保仔猪MC1R基因型鉴定与分析》文中研究说明为了解释保山猪和杜洛克猪杂交后代出现毛色分离的原因,寻找判定保山猪纯种与否的分子标记,试验采用PCR扩增、分子克隆与多重序列比对技术,对保山猪MC1R基因编码区序列及杜×保仔猪(S1~S6窝)MC1R基因型进行分析。结果表明:保山猪MC1R基因编码区序列长度为963 bp,共编码321个氨基酸。以野猪MC1R基因编码区序列为参考,保山猪存在5个SNP位点,在翻译水平上发生2个错义突变及3个同义突变,2个错义突变为第283位碱基由G>A、第305位碱基由T>C,3个同义突变为第51位碱基由G>A,第363位碱基由T>C,第729位碱基由G>A,证实调控保山猪黑毛色的等位基因为ED1。S1~S4窝为纯种的杜×保仔猪,仔猪均为全黑色,在碱基491C>T、727G>A、729C>A处均存在突变,这3个SNP位点处图谱均为双峰,基因型为ED1/e; S5窝为杂种的杜×保仔猪,为黑毛、黄毛仔猪,黑毛仔猪基因型为ED1/e,黄毛仔猪基因型为e/e; S6窝为杂种的杜×保仔猪,为黑毛及黑黄纵纹仔猪,其基因型均为ED1/e。说明MC1R基因可以作为解释保山猪毛色分离和判断纯种与否的分子标记。
李玉莲,吴买生,夏敏,李朝晖,谭红[2](2021)在《湘沙猪配套系毛色遗传研究》文中指出在湘沙猪配套系的培育过程中,为筛选亲本开展了一系列的杂交组合试验,最终确定了3个专门化品系,并进行了品系间配合力测定。在杂交组合筛选及配合力测定等研究中,将猪的毛色作为一个重要性状进行考虑。文章就湘沙猪配套系培育过程中开展的毛色相关研究进行总结,形成一套较完整的湘沙猪配套系毛色遗传研究资料,为开展猪的毛色遗传研究提供参考。
陶璇,梁艳,应三成,钟志君,杨雪梅,雷云峰,龚建军,陈晓晖,舒刚,吕学斌,顾以韧[3](2021)在《川乡黑猪杂交试验研究》文中认为试验旨在研究父本新品种"川乡黑猪"作为终端父本的杂交效果。以川乡黑猪和杜洛克猪分别作父本,四川省6个地方猪种、巴克夏×地方猪、川藏黑猪父母代和长×大猪分别为母本,设置12个二元杂交组合和16个三元杂交组合,研究比较各杂交组合商品猪性能。结果表明:以巴克夏×地方猪二元杂交母猪做母本,杜洛克做父本的三元杂交猪(杜洛克×巴克夏×地方猪)的杂毛色比例平均为38.68%,而以川乡黑猪作父本的三元杂交猪(川乡黑猪×巴克夏×地方猪)被毛均为黑色;川乡黑猪与杜洛克分别作父本的二元杂交猪、三元杂交猪的肥育、胴体性能差异不显着,肌内脂肪含量更高(P<0.01),肉质更优。川乡黑猪可替代杜洛克猪作为终端父本,解决优质猪生产中毛色分离问题,同时改善商品猪肉质性能。
范婷婷[4](2021)在《基于高密度芯片开展牛杂种优势预测及相关基因鉴定》文中认为为探究西门塔尔牛、和牛与荷斯坦牛的杂种优势,挖掘其与杂种优势相关的候选基因,解析牛杂种优势的遗传机制,本研究利用SNP芯片基因组数据对西门塔尔牛、和牛与荷斯坦牛的杂种优势进行了预测,分析了德系西门塔尔牛与荷斯坦牛杂交群体的配合力;同时基于FST方法对德系西门塔尔牛、荷斯坦牛两亲本及其F1代开展了全基因组范围内选择信号研究,并对F1代的初生重和毛色性状进行了全基因组关联分析。结果如下:1.利用覆盖全基因组和与性状相关的SNP标记分别估算西门塔尔牛、和牛和荷斯坦牛三个亲本群体之间的遗传距离,预测不同杂交组合的杂种优势,结果发现在生长发育性状上,荷斯坦牛与西门塔尔牛可能为较佳的杂交组合。通过分析德系西门塔尔牛与荷斯坦牛杂交群体的配合力,发现该组合的杂交后代在初生重性状上表现出了较好的杂种优势。根据30头与配公牛的配合力结果,在实际生产中,可优先选择29617、426989、12FFM13、FW13213107公牛与荷斯坦牛母牛配种,以获得较大的初生重。2.利用FST方法对德系西门塔尔牛、荷斯坦牛及其杂交F1代全基因组范围内的选择信号进行检测,并对受到选择的SNPs位点进行候选基因的定位与注释,发现KCNIP4、PRKN、THADA、POMC、OXTR、ABCG1、MYO5B等38个与牛生长发育、产奶、胴体、繁殖、肉质等性状相关的基因在F1代受到正选择。3.对德系西门塔尔牛和荷斯坦牛杂交一代的初生重和毛色性状进行全基因组关联分析,结果发现了影响初生重性状杂种优势表现的3个显着的SNP位点,分布在2号和11号染色体上,其中11号染色体上的Bovine HD1100000027定位到ZC3H6基因;对于毛色性状,共筛选到了影响毛色表现的12个显着的SNP位点,全部分布在5号染色体上,定位到了5个候选基因RNF41、ZC3H10、ERBB3、PMEL和OR10A7,其中PMEL和ERBB3基因为已经报道过的与牛毛色相关的候选基因。
李玉莲,邓秋纯,谭红,李朝晖,夏敏,吴买生[5](2020)在《沙子岭猪、巴沙二元母猪繁殖性能及后代毛色性状测定分析》文中研究说明为测定沙子岭猪、巴沙二元母猪繁殖性能和后代毛色情况,试验选择2~5胎次的沙子岭母猪60头,按随机区组法分为两组,即沙子岭组和巴沙沙组,每组30头;选择第2胎次的巴沙二元母猪22头,随机分为两组,即沙巴沙组和巴沙组,每组11头。沙子岭组和沙巴沙组分别用沙子岭公猪精液配种,巴沙沙组和巴沙组分别用巴沙二元公猪精液配种,配种方式为人工授精。结果表明:总产仔数和产活仔数在组间无显着差异(P>0.05)。仔猪初生个体重和窝重的顺序:沙巴沙组>巴沙组>巴沙沙组>沙子岭组,且沙巴沙组和巴沙组均极显着高于沙子岭组(P<0.01),仔猪初生个体重,沙巴沙组显着高于巴沙沙组0.24 kg(P<0.05),巴沙沙组显着高于沙子岭组0.16kg(P<0.05)。仔猪毛色情况:试验组所产仔猪或为黑猪或为花猪,无其他毛色。其中,以巴沙组黑猪比例最高,达77.78%。综上所述:沙子岭猪和巴沙二元母猪产仔数无显着性差异,但仔猪初生重有明显差异。除沙子岭组以外,其他3组后代仔猪毛色有分离情况,但以巴沙组出现黑猪的比例最高。
孙艳,黄卫平,王强,黄剑锋,曾国茂,周国燕[6](2020)在《四川省凉山州高二半山彝区适推猪种研究》文中提出凉山是四川第二大农产区,光热资源条件优越,物种及农业资源丰富,农业是国民经济的支柱产业,其中畜牧业占农业增收的一半。根据全州统计数据显示养猪生产是凉山畜牧业的核心内容。但凉山养猪生产发展极不平衡,虽说改革开放以来,通过品种改良、标准化养殖技术推广应用工作,我州的养猪生产得到极大提高,安宁河沿线地区养猪水平比较发达,基本实现良种化、标准化、规模化生产。然而笔者调研发现在凉山高二半山彝区养猪生产发展滞后,品种改良步伐落后,规模化程度低,养殖环境也不乐观[1]。
王文涛[7](2020)在《东北野猪(Sus scrofa ussuricus)遗传多样性及全基因组序列分析》文中提出随着分子生物学技术的飞速发展,使野生动物的遗传多样性、全基因组序列分析研究成为可能。世界上的野猪共有5个属、8个种、23个亚种。在中国存在1个种和7个亚种的野猪资源,按照地理位置划分,黑龙江省野猪应属于中国野猪东北亚种(Sus scrofa ussuricus)。野猪是一种重要的野生资源,开展东北野猪的遗传多样性及全基因组序列研究,获得东北野猪的基础遗传数据信息,丰富了野猪基因组遗传变异位点数据,为东北野猪种质特性遗传机制研究和优良基因资源挖掘提供重要基础性科学数据。本课题针对东北野猪进行遗传多样性及全基因组序列开展研究,通过东北野猪分子生物学鉴定、基于线粒体基因和全基因组重测序的遗传多样性分析、受选择基因筛选及验证等方面的分析,获得如下结论:1、利用PCR-RFLP技术鉴别东北野猪和家猪群体,分别使用AccⅡ和BspHI两种内切酶对黑素皮质素受体1基因进行多态性酶切位点检测,获得东北野猪特有的基因型组合为BB/AA型。2、获得东北野猪细胞色素B基因完整编码区序列1 137 bp,构建欧洲、亚洲、非洲和中国不同地区野猪序列分子进化树,发现亲缘关系远近基本符合地理分布特征;对东北野猪线粒体D-loop高变区(150bp-591bp)处进行克隆测序,构建黑龙江、吉林、辽宁、内蒙古和韩国野猪的D-loop区分子进化树,发现亲缘关系远近基本符合地理分布特征,欧亚野猪线粒体D-loop区单倍型分析获得21个单倍型,东北野猪有8种单倍型,构建单倍型组成比例及聚类热图,分析结果支持欧亚两大母系起源的二元论观点。3、获得东北野猪全基因组重测序数据36.28GB,发现10 275 059个SNPs位点和1071 744个InDels位点,其中包括35 946个错义突变,涉及9 739个功能基因,新发现SNPs位点7 739 173个;从NCBI数据库中下载了亚洲野猪、亚洲家猪、欧洲野猪、欧洲家猪、疣猪等共计80个个体的全基因组序列,构建了基于80个个体的分子进化树,发现欧洲猪和亚洲猪聚成两个分枝,东北野猪聚在中国地方猪、野猪一侧,民猪聚在中国东北野猪和欧洲猪种之间,主成分分析结果也与之相一致。4、对东北野猪重测序数据进行选择性清除分析,筛选出东北野猪有29.81Mb的区间受到了选择,涉及到411个基因,其中有功能注释的基因279个,GO分析获得其细胞组件、分子功能、信号通路的富集结果;利用有功能注释的279个基因构建蛋白质互作网络图,147个基因形成互作关系,选取与神经系统发育相关的16个基因,进行荧光定量PCR表达鉴定,结果表明其在野猪和民猪中表达存在明显差异;针对与免疫、繁殖和神经系统相关的5个基因进行克隆测序,分析获得大量遗传多样性数据,为后续的研究提供理论支持。
杨帆[8](2020)在《近交合作猪血液生理、生化指标及遗传特性的研究》文中提出猪在生理学、解剖学等方面与人类的相似度极高,因而成为医学、兽医学的一种常用的大型实验动物。近交系动物具有基因纯合度高、表现型一致、遗传背景清楚等特点,在科研领域的应用中表现出了明显的优势,故成为了实验动物培育的方向和热点。目前,国内外培育成功的近交系动物主要是小鼠、大鼠,而近交系猪的品系相对较少,国内主要利用在低海拔地区的地方猪种先后培育成功了近交系五指山小型猪、巴马小型猪和版纳小型猪等,而高原近交系猪是国际的空白。合作猪是分布在甘肃甘南藏族地区的一种高原型小型地方原始猪种,若对其进行实验动物标准化培育,可填补高原型近交系小型猪这一空白。因此,该研究对近交培育十六代的合作猪进行了血常规检测、血液生化检测和微卫星位点遗传标志检测,并与原产地合作猪进行比较,旨在探究近交合作猪的生理特征和遗传特性,并为今后近交系合作猪种群的建立提供翔实的数据和科学参考。首先对近交培育的合作猪与原产地合作猪的生理特性表现进行分析。通过12项血常规检测和16项血液生化检测来分析近交培育的合作猪与原产地合作猪在机体的健康状态、代谢水平及免疫功能等生物学方面存在的差异及特点。结果发现:合作猪经过十六代的近交培育之后仍然保持着原有的生理学特性,其中部分高原动物特有的属性更加显着,这不仅反映出了合作猪较好的异地适应能力和生长潜能,而且表现出了其作为实验动物的独特性。其次,在基因水平上对近交合作猪与原产地合作猪进行遗传特性的分析。运用微卫星DNA技术检测主要的10个微卫星位点的等位基因数目Na、有效等位基因数Ne、观察杂合度Ho、期望杂合度He、多态性信息含量PIC。结果发现:近交合作猪群体的等位基因数目明显少于原产地合作猪,且其基因纯合度更高;原产地合作猪的低、中度多态性座位的数目远高于近交合作猪,说明近交合作猪经过培育后有望成为一种新的近交系小型猪品系。研究结果表明:近交合作猪仍然保持着原产地合作猪独特的生理特性,并且等位基因数目明显减少,基因纯合度高,有望培育成为一种新的实验动物品系应用于生命科学研究中。
徐忠[9](2020)在《基于基因组信息对金华猪种质特性及其保护、利用的研究》文中研究指明金华猪是我国猪种资源宝库中的佼佼者,因其肉质优良、肉味鲜美,深受人们喜爱,特别是以其后腿作为原料加工制作的金华火腿,堪称世界一绝。在生产实践中,金华猪相比于西方引进猪种更容易感染猪气喘病,严重影响其生产效率。而目前对金华猪的这些特性的遗传基础及形成机制尚不清楚。在保种过程中,金华猪的保种效果不能有效评估,缺乏从分子水平上的评估方法。此外,在金华猪的杂交利用中,缺乏有效的杂种优势预测理论及配合力测定进行指导。为此,本研究的主要目的是利用全基因组信息对金华猪进行种质特性和保护、利用研究,开展以下工作:(1)首先对金华猪进行简化基因组测序,并与其它群体一起进行全基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)检测;(2)对金华猪在遗传资源分类中的地位进行深入了解;(3)从基因组结构、功能特性和信号选择分析等对其分子种质特性进行挖掘;(4)对金华猪气喘病易感性的分子机制进行生物信息学挖掘和全基因组关联分析;(5)利用传统系谱和全基因组分子标记对其保种效果进行分析和评估;(6)最后利用杂种优势预测及配合力测定试验找出最优杂交利用的组合模式。具体研究内容和结果如下:(1)基因组测序与遗传变异检测:本研究首先对金华猪国家级保种场在群的202头金华猪采集了耳组织样,利用基于基因组简化与测序的基因型分型(genotyping by genome reducing and sequencing,GGRS)平台对其进行了建库实验和测序。结果共得到12.5亿条高质量Reads数,每个个体平均测序深度为6.13,平均覆盖度为3.3%。进一步结合实验室前期数据,对金华猪与江、浙、沪等中国地方品种和西方品种共19个品种914头猪进行了遗传变异检测。最终共得到114687个高质量的SNPs位点,这些位点在染色体上分布较均匀,说明测序结果较理想。特别是与现有猪的SNP数据库进行对比分析,其中有16 656个为本次新发现的SNPs多态标记,大大丰富了我国地方猪品种及西方引进品种的分子遗传标记数据库。(2)金华猪在遗传资源分类中的地位:本研究在分子层面对金华猪与其它群体间遗传距离、遗传分化和遗传结构进行了分析。从聚类分析和PCA分析可以看出金华猪所有个体聚在一起,而与其它群体较独立,有着独特的遗传结构;从ADMIXTURE的群体结构来看,金华猪群体最早独立出来,说明金华猪起源相对较早,具有着较为古老的祖先血统;从遗传距离、遗传分化和PCA结果上也可以看,相比于西方商业品种猪,金华猪与中国地方品种猪有着更近的遗传背景;由Treemix分析也可以看金华猪有向兰溪花猪迁移事件,可能是因为两者地理距离较近,有基因交流的可能性也更大。这些结果表明金华猪在遗传资源分类中具有独特的地位,为其作为独立品种提供了分子依据。(3)金华猪基因组结构和功能特性:基因组结构的不同是动物表型差异的遗传基础。我们对SNPs在基因组的分布、单倍型块和连续纯合性片段(runs of homozygosity,ROH)等基因组结构进行分析。在本研究总共检测到114 687个SNPs遗传变异中85 287(74.4%)在金华猪中存在多态,说明金华猪的遗传多样性相对较高。特别是有29 400(25.6%)个位点在其它群体表现多态但在金华猪群体中表现纯合,这些点所在基因主要参与色素沉积(GO:0043473~pigmentation)、对刺激反应的调节(GO:0048585~negative regulation of response to stimulus)和气喘病(hsa05310~Asthma)等,这些说明金华猪群体内一些与色素沉积、对刺激的反应和气喘病相关的基因位点已经发生纯合。我们发现了249个金华猪品种特异的SNPs,这些SNPs可以作为品种鉴定的候选位点。金华猪单倍型块在基因组分布并不均匀,在6号染色体的单倍型区块最多(862个),覆盖区域最长(33101 Kb),占相应染色体总长度的比例最大(19.38%)。金华猪中最长的单倍型块位于7号染色体57 101 799~57 601 268的位置上,位于其中的基因与免疫、肌内脂肪含量和繁殖相关。金华猪基因组中ROH分布也不均匀,短的ROH片段多位于染色体的两端。在所有金华猪中出现频率最高的位点是Chr3:37449853,距离此位点最近的基因是SEC14L5,此基因与脂质转运与代谢相关。这些结果为进一步深入揭示金华猪种质特性的遗传机制提供参考。(4)金华猪选择信号分析:金华猪之所以形成如此独特的表型特征,是长期的自然选择和人工选择造成的,而这些选择信号可能是造成金华猪种质特性的原因。本研究通过基于金华猪群体内的(REHH、i HS和CLR三种方法)和金华猪与其它群体间的(基于PLS和XPEHH)信号选择方法,对金华猪基因组上的受选择区域进行了分析。金华猪群体内选择信号分析共找到62个候选基因,与肉质、繁殖、生长和免疫等相关(如PIK3R6、NOS2、ZNF423、IL21R)。而这些性状相关的候选基因为后续的功能基因验证提供了一定的指导意义。在金华猪与其它猪群体间的信号选择方法中,我们还找到了:与毛色性状相关的基因如MYO7A、EDNRB和KIT等;与骨组织生长相关的基因如PBX1、GSG1L和PAPPA2等;与肺部疾病相关的通路如气喘病通路(hsa05310~Asthma)和肺结核(hsa05152~Tuberculosis)等。这些可能与金华猪独特的两头乌毛色、皮薄骨细和易感气喘病等性状有关,值得深入研究。这些结果使我们对中国地方猪的基因组进化和选择机制有了更深入的了解。(5)金华猪气喘病相关研究:我们同时利用基因组到表型(选择信号分析方法)和表型到基因组(全基因组关联分析)研究分析金华猪气喘病的遗传机制,并进一步基于表达谱实验数据进行核实验证。选择信号分析方法是通过比较三个对气喘病易感的猪种(金华猪53头、二花脸猪31头、梅山猪80头)和两个相对不易感气喘病猪种(杜洛克猪48头、长白猪37头)的基因组,挖掘猪支原体肺炎(mycoplasmal pneumonia of swine,MPS)候选基因,结果找到了CYP1A1、TLR2和CXCL2等14个相关候选基因;同时对171头金华猪的基因型数据和连续100天的气喘病表型记录,利用全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)找到KIAA1644、MAGI3、PGM1和ALK四个候选基因。这两种方法找到的18个候选基因中有2个(CYP1A1和TLR2)是前人研究已证实的,16个是本次研究新发现的。其中有4个基因(EPAS1,CXCL2,TLR2和IL7R)我们通过猪气喘病转录组的数据分析进一步进行了核实验证。这些MPS易感性位点可能是在对繁殖力和肉质等优良经济性状的选择过程中,由于多效性和搭便车效应从而导致受选择,在随后的选种中需要更加注意。本研究初步揭示了金华猪易感MPS的遗传机制,为后续金华猪抗MPS的基因组保护和和基因组选择方案提供指导作用。同时这些研究可能对人类呼吸系统疾病的研究起一定的参考作用。(6)金华猪保种效果分析:利用12 560个个体的系谱信息和6 018条繁殖记录对金华猪的保种效果进行纵向比较,发现在2009~2017年间,金华猪的近交系数稳定在较低(0.009左右)的水平,繁殖性能(总产仔数、活产仔数和出生窝重)的个体估计育种值(estimated breeding value,EBV)均呈现增加趋势,分别提升2.0头、1.9头和0.85kg,说明了近几年的总体保种效果较好。但利用传统系谱信息和分子遗传标记信息深入分析显示仍存在一些问题,需要进一步优化保种策略。其一,对本研究采样时的在群金华猪群体的近交系数、亲缘系数和血统结构进行了分析。分析结果表明金华猪个体平均近交系数和个体间亲缘系数总体虽较低,但也有极个别间较大,达到0.5以上,且金华猪每个血统个体数并不是很均匀,在以后的保种过程中群体结构有待优化。其二,系谱和分子计算的金华猪群体有效含量分别为63和88头,根据畜禽遗传资源受威胁程度的分类可知,金华猪可能仍处于受威胁状态,表明仍需进一步适当扩大保种群体规模,特别是基于分子标记指导选种、选配,逐步提高群体有效含量。其三,我们利用其它地方品种及西方品种等19个群体的分子遗传多样性指标,对金华猪的保种效果进行了横向比较,发现金华猪遗传多样性较高,但近交程度(基于分子的)在这些群体中处于中等水平,提示我们在今后保种过程中尽量避免近交,优化配种策略。本研究为金华猪今后的保种工作提供了参考价值。(7)金华猪的杂交利用:本研究基于全基因组遗传标记筛选金华猪候选杂交组合,并结合繁殖、育肥和屠宰等配合力测定试验确定了最优的杂交组合模式。首先利用全基因组性状特异(繁殖、健康、生长和胴体与肉质)的SNP对金华猪与三个西方引进品种杜洛克(DD)、大白猪(YY)和长白猪(LL)共180头猪的各种杂交组合进行了杂种优势的预测,结果显示在二元、三元和双杂交组合中最优选择为D×J、J×LY和DJ×LY。随后我们挑选了合适组合进行配合力测定试验,其中繁殖性能测定共88窝,育肥测定试验共91头,屠宰测定试验共83头。最终确定了DJ×LY为最佳的杂交组合模式。研究为金华猪的杂交利用提供了一套切实可行的方案。综上,本论文对金华猪种质特性的遗传基础及其形成机制进行了探究,进而为该遗传资源的保护、选育、利用奠定基础。这在非洲猪瘟流行的背景下,对我国地方猪遗传资源的保护和利用具有特殊意义。有关结果也为研究人类复杂性状的遗传机制提供了依据,对人类哮喘病等呼吸系统疾病的研究具有参考作用。
彭刚[10](2019)在《猪MC1R、ASIP、TYR、TYRP1和SLC45A2基因多态性及其与毛色相关性研究》文中提出猪的毛色是品种的重要特征之一,作为一种可利用的遗传标记,可用于鉴定品种纯度和亲缘关系、确定杂交组合、评价产品质量等。研究表明,猪的毛色表型差异主要取决于毛发中色素的种类、比例及分布。本研究中,以清平猪及其与法系大白杂交后代作为研究对象,选择5个影响黑色素合成的相关基因(MC1R、ASIP、TYR、TYRP1和SLC45A2)作为候选基因,在实验室前期100头清平母猪GWAS测序结果中筛选SNPs,利用目标捕获测序技术鉴定杂交后代的5个色素合成相关基因SNPs位点的基因型,研究其单核苷酸多态性。主要研究结果如下:1.清平猪MC1R基因CDs区筛选到7个SNPs位点,4个错义突变的ID号分别是rs326921593、rs705222433、rs45434630和rs45434629,3个同义突变的ID号分别是rs327940565、rs45435031和rs345201947。测序结果说明,清平猪的黑色表型是由ED1等位基因控制的,属于显性黑毛体系,与其他中国黑猪的研究结果一致。2.清平猪ASIP基因CDs区筛选到1个非同义突变SNP,ID号为rs695545599。对法系大白×清平猪(大清)杂交F2代7种不同毛色个体rs695545599位点进行基因分型,卡方检验结果显示该位点的各基因型在7种毛色群体中的分布差异不显着(P>0.05),该位点与猪毛色变异无关。3.清平猪TYR基因CDs筛选到8个SNPs位点,其中有1个是非同义突变SNP,这是一个新突变,将其命名为:g.22603899 G>C。对大清杂交F2代7种不同毛色个体g.22603899 G>C位点的进行基因分型,卡方检验结果显示该位点的各基因型在7种毛色群体中的分布差异显着(P<0.05),说明该突变可能与猪毛色变异有关,但还需要进一步研究证明。4.清平猪TYRP1基因CDs区筛选到7个SNPs位点,其中有3个是非同义突变SNPs,ID号分别为rs80932060、rs80930111和rs328212230。对大清杂交F2代7种不同毛色个体3个位点进行基因分型,卡方检验结果显示该位点的各基因型在7种毛色群体中的分布差异不显着(P>0.05),说明这3个位点均与猪毛色变异无关。5.在清平猪SLC45A2基因CDs区筛选到11个SNPs位点,其中有1个是非同义突变SNP,ID号为rs318960545。对大清杂交F2代7种不同毛色个体rs318960545位点进行基因分型,卡方检验结果显示该位点的各基因型在7种毛色群体中的分布差异不显着(P>0.05),说明该位点与猪毛色变异无关。
二、猪的毛色与生产性能(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、猪的毛色与生产性能(论文提纲范文)
(1)保山猪和杜×保仔猪MC1R基因型鉴定与分析(论文提纲范文)
1 材料 |
1.1 试验动物 |
1.2 主要试剂 |
1.3 主要仪器 |
2 方法 |
2.1 样本采集 |
2.2 保山猪MC1R基因编码区克隆 |
2.3 保山猪MC1R基因型鉴定 |
2.4 杜×保仔猪MC1R基因型分析 |
3 结果与分析 |
3.1 保山猪MC1R基因编码区克隆 |
3.2 保山猪MC1R基因型鉴定 |
3.3 杜×保仔猪MC1R基因型分析 |
4 讨论与结论 |
(2)湘沙猪配套系毛色遗传研究(论文提纲范文)
1 湘沙猪配套系3个专门化品系毛色类型 |
1.1 XS3系毛色类型 |
1.2 XS2系毛色类型 |
1.3 XS1系毛色类型 |
2 湘沙猪配套系父母代猪毛色研究 |
2.1 前期不同杂交组合后代毛色研究 |
2.2 对父母代猪毛色遗传研究 |
3 商品代猪毛色遗传研究 |
(3)川乡黑猪杂交试验研究(论文提纲范文)
1 材料与方法 |
1.1 试验材料 |
1.2饲养管理与试验日粮 |
1.3 测定指标 |
1.4 数据分析 |
2 结果与分析 |
2.1 毛色观测结果 |
2.2性能测定结果 |
3 讨论 |
3.1 杂交组合的毛色观测分析 |
3.2 杂交组合的肥育、胴体及肉质性能分析 |
4 结论 |
(4)基于高密度芯片开展牛杂种优势预测及相关基因鉴定(论文提纲范文)
摘要 |
abstract |
主要符号对照表 |
第一章 绪论 |
1.1 杂种优势及利用 |
1.2 杂种优势的遗传学解释 |
1.3 杂种优势预测 |
1.3.1 基于配合力预测杂种优势 |
1.3.2 基于亲本遗传差异预测杂种优势 |
1.4 杂种优势分子机理研究 |
1.4.1 基于组学分析解析杂种优势 |
1.4.2 基于关联分析解析杂种优势 |
1.4.3 基于选择信号分析解析杂种优势 |
1.5 我国牛的杂交改良研究 |
1.6 本研究的目的和意义 |
第二章 西门塔尔牛、和牛与荷斯坦牛的杂种优势预测分析 |
2.1 材料与方法 |
2.1.1 试验动物 |
2.1.2 血样采集与基因分型 |
2.1.3 基因型数据质量控制 |
2.1.4 杂种优势预测分析 |
2.1.5 实际杂交群体配合力分析 |
2.2 结果 |
2.2.1 杂种优势预测 |
2.2.2 实际杂交群体的配合力分析 |
2.3 讨论 |
2.3.1 杂种优势预测分析 |
2.3.2 实际杂交群体杂交效果分析 |
第三章 亲本与杂交一代的选择信号分析 |
3.1 材料与方法 |
3.1.1 试验材料 |
3.1.2 血样采集与基因分型 |
3.1.3 基因型数据质量控制 |
3.1.4 主成分分析 |
3.1.5 群体遗传混合分析 |
3.1.6 选择信号分析 |
3.1.7 候选基因的检测与富集分析 |
3.2 结果 |
3.2.1 群体遗传结构分析 |
3.2.2 选择信号分析 |
3.2.3 基因富集分析 |
3.3 讨论 |
第四章 德系西门塔尔牛与荷斯坦牛F_1代毛色及初生重性状的全基因组关联分析 |
4.1 材料与方法 |
4.1.1 试验材料 |
4.1.2 血样采集与基因分型 |
4.1.3 数据预处理 |
4.1.4 群体分层分析 |
4.1.5 全基因组关联分析 |
4.1.6 基因注释 |
4.2 结果 |
4.2.1 表型数据基本统计量 |
4.2.2 SNP数据质量控制 |
4.2.3 主成分分析 |
4.2.4 全基因组关联分析 |
4.2.5 基因注释 |
4.3 讨论 |
第五章 结论 |
参考文献 |
致谢 |
作者简历 |
(5)沙子岭猪、巴沙二元母猪繁殖性能及后代毛色性状测定分析(论文提纲范文)
1 材料与方法 |
1.1 试验动物 |
1.2 试验设计 |
1.3 基础饲粮及营养水平 |
1.4 母猪配种与饲养管理 |
1.5 测定指标 |
1.5.1 母猪繁殖性能 |
1.5.2 仔猪毛色 |
1.6 统计方法 |
2 结果与分析 |
2.1 沙子岭猪和巴沙二元母猪繁殖性能比较 |
2.2 沙子岭猪和巴沙二元母猪后代毛色分离情况 |
3 讨论 |
4 结论 |
(6)四川省凉山州高二半山彝区适推猪种研究(论文提纲范文)
1 凉山黑猪杂交试验研究 |
1.1 毛色、体型 |
1.2 繁殖性能 |
1.3 肥育性能测定 |
2 结论 |
(7)东北野猪(Sus scrofa ussuricus)遗传多样性及全基因组序列分析(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
1 绪论 |
1.1 课题背景 |
1.1.1 野猪的驯化研究 |
1.1.2 DNA遗传多样性研究方法 |
1.2 课题目标及研究内容 |
1.2.1 课题目标 |
1.2.2 研究内容及创新性 |
2 野猪样品分子生物学鉴定 |
2.1 前言 |
2.2 材料与方法 |
2.2.1 实验材料 |
2.2.2 实验主要仪器 |
2.2.3 实验所用试剂 |
2.2.4 实验方法 |
2.3 实验结果 |
2.3.1 DNA提取及质量、浓度检测 |
2.3.2 野猪样品分子生物学鉴定 |
2.3.3 不同种群内MC1R基因的遗传多样性分析 |
2.4 讨论 |
2.5 本章小结 |
3 基于线粒体基因序列的东北野猪群体遗传多样性分析 |
3.1 前言 |
3.2 材料与方法 |
3.2.1 实验材料 |
3.2.2 实验方法 |
3.3 实验结果 |
3.3.1 基于细胞色素b基因的群体遗传多样性分析 |
3.3.2 基于mtDNAD-loop的系统发育分析 |
3.4 讨论 |
3.5 本章小结 |
4 基于全基因组序列的东北野猪群体遗传多样性分析 |
4.1 前言 |
4.2 材料与方法 |
4.2.1 实验材料 |
4.2.2 实验方法 |
4.3 实验结果 |
4.3.1 东北野猪全基因组重测序 |
4.3.2 东北野猪全基因组序列与其他品种猪的比对分析 |
4.4 讨论 |
4.5 本章小结 |
5 东北野猪受选择基因的筛选与验证 |
5.1 前言 |
5.2 材料与方法 |
5.2.1 实验材料 |
5.2.2 实验方法 |
5.3 实验结果 |
5.3.1 东北野猪受选择基因筛选 |
5.3.2 东北野猪适应性驯化受选择基因的功能富集 |
5.3.3 部分受选择基因的筛选与表达鉴定 |
5.3.4 部分受选择基因克隆测序和遗传多样性分析 |
5.4 讨论 |
5.5 本章小结 |
结论 |
参考文献 |
附录 |
攻读学位期间发表的学术论文 |
致谢 |
东北林业大学博士学位论文修改情况确认表 |
(8)近交合作猪血液生理、生化指标及遗传特性的研究(论文提纲范文)
摘要 |
Summary |
缩略词英汉对照表 |
第一章 文献综述 |
1.1 合作猪 |
1.1.1 品种的形成 |
1.1.2 分布情况 |
1.1.3 生态环境 |
1.1.4 饲养方式 |
1.1.5 体貌特征 |
1.1.6 生活习性 |
1.1.7 生长性能 |
1.1.8 生产性能 |
1.1.9 利用前景 |
1.2 近交系动物 |
1.2.1 实验动物的发展方向及意义 |
1.2.2 近交系动物的概念与作用 |
1.2.3 近交系动物的优缺点 |
1.2.4 近交系动物的应用 |
1.3 血液理化指标 |
1.3.1 血液生理指标 |
1.3.2 血液生化指标 |
1.3.3 血液理化指标的意义 |
1.4 遗传质量监测 |
1.4.1 实验动物常用遗传质量监测的方法 |
1.4.2 实验动物遗传质量监测的目的及意义 |
1.5 本研究的目的和意义 |
第二章 近交合作猪血液生理、生化指标检测分析 |
2.1 材料 |
2.1.1 实验动物 |
2.1.2 主要仪器 |
2.1.3 试剂与材料 |
2.2 方法 |
2.2.1 血样采集与处理 |
2.2.2 血常规检测项目与方法 |
2.2.3 血液生化检测项目与方法 |
2.2.4 数据统计与分析 |
2.3 结果 |
2.3.1 血常规检测的比较 |
2.3.2 血液生化检测的比较 |
2.3.3 结果分析 |
2.4 讨论 |
第三章 近交合作猪微卫星位点遗传检测分析 |
3.1 材料 |
3.1.1 实验动物 |
3.1.2 主要仪器 |
3.1.3 实验试剂及配制 |
3.2 方法 |
3.2.1 血样采集与处理 |
3.2.2 血细胞的制备 |
3.2.3 基因组提取 |
3.2.4 琼脂糖凝胶电泳 |
3.2.5 引物合成 |
3.2.6 PCR扩增 |
3.2.7 STR检测 |
3.2.8 数据统计与分析 |
3.3 结果 |
3.3.1 基因组抽样检测 |
3.3.2 PCR产物检测 |
3.3.3 PCR产物片段大小 |
3.3.4 峰图 |
3.3.5 遗传多态性分析 |
3.4 讨论 |
第四章 全文结论 |
参考文献 |
致谢 |
作者简介 |
在读期间发表论文和研究成果等 |
导师简介 |
(9)基于基因组信息对金华猪种质特性及其保护、利用的研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
文章部分缩略语表 |
1 引言 |
1.1 金华猪概况 |
1.1.1 产地分布及品种形成 |
1.1.2 种质特性 |
1.1.3 保种现状 |
1.1.4 研究进展 |
1.1.5 主要问题 |
1.2 猪的基因组研究 |
1.2.1 猪基因组的组装 |
1.2.2 基因组测序在猪中的应用 |
1.3 分子种质特性研究方法 |
1.3.1 遗传变异检测 |
1.3.2 基因组结构分析 |
1.3.3 基因组功能注释 |
1.3.4 选择信号分析 |
1.4 家畜遗传资源的保护 |
1.4.1 家畜遗传多样性 |
1.4.2 遗传多样性检测方法 |
1.4.3 在分子水平上评估遗传多样性的指标 |
1.4.4 保种相关理论和方法 |
1.4.5 保种方式 |
1.5 遗传资源的利用 |
1.5.1 利用的必要性 |
1.5.2 利用的主要途径 |
1.6 研究目的与意义 |
2 金华猪在遗传资源分类中的地位 |
2.1 材料与方法 |
2.1.1 实验动物与样品 |
2.1.2 主要试剂及其来源 |
2.1.3 主要仪器及设备 |
2.1.4 基因组DNA的提取及质量检测 |
2.1.5 文库的构建及测序 |
2.1.6 测序数据分析及存贮 |
2.1.7 群体及SNPs检测 |
2.1.8 群体遗传距离分析 |
2.1.9 群体遗传分化 |
2.1.10 群体遗传结构分析 |
2.1.11 群体迁移分析 |
2.2 结果与分析 |
2.2.1 测序数据分析结果 |
2.2.2 SNPs的数量和频率分布 |
2.2.3 金华猪与其它群体间的遗传距离 |
2.2.4 群体间遗传分化结果 |
2.2.5 群体遗传结构结果 |
2.2.6 群体迁移分析 |
2.3 讨论 |
2.3.1 金华猪的基因组测序及遗传变异检测 |
2.3.2 金华猪在遗传资源分类的地位 |
2.4 小结 |
3 金华猪的分子种质特性研究 |
3.1 材料与方法 |
3.1.1 基因组结构分析 |
3.1.2 基因组功能分析 |
3.1.3 金华猪群体内选择信号检测 |
3.1.4 群体间选择信号检测 |
3.2 结果与分析 |
3.2.1 SNPs在基因组上的分布 |
3.2.2 群体单倍型块构建 |
3.2.3 群体ROH分布 |
3.2.4 金华猪群体内选择信号分析 |
3.2.5 群体间选择信号分析 |
3.3 讨论 |
3.3.1 基因组结构上的分析 |
3.3.2 选择信号分析 |
3.4 小结 |
4 金华猪易感猪支原体肺炎遗传机制的研究 |
4.1 材料与方法 |
4.1.1 生物信息学挖掘方法 |
4.1.2 全基因组关联分析 |
4.2 结果与讨论 |
4.2.1 生物信息学挖掘结果 |
4.2.2 全基因组关联分析结果 |
4.2.3 候选基因的验证 |
4.3 小结 |
5 金华猪保种效果分析 |
5.1 材料与方法 |
5.1.1 基于系谱的近交系数计算 |
5.1.2 繁殖性能育种值评估 |
5.1.3 在群金华猪近交系数、亲缘系数计算和群体结构分析 |
5.1.4 在群金华猪群体有效含量估计 |
5.1.5 群体遗传多样性分析 |
5.1.6 遗传近交程度估计 |
5.2 结果与分析 |
5.2.1 金华猪历年近交系数变化 |
5.2.2 金华猪历年繁殖性能变化 |
5.2.3 在群金华猪近交系数、亲缘系数和群体结构 |
5.2.4 在群金华猪群体有效含量 |
5.2.5 群体遗传多样性分析结果 |
5.2.6 群体近交程度估计 |
5.3 讨论 |
5.4 小结 |
6 金华猪的最宜杂交配套模式 |
6.1 材料与方法 |
6.1.1 杂种优势预测方法 |
6.1.2 配合力测定试验方法 |
6.2 结果与分析 |
6.2.1 杂种优势预测结果 |
6.2.2 配合力测定试验结果 |
6.3 讨论 |
6.3.1 杂种优势预测 |
6.3.2 配合力测定试验 |
6.4 小结 |
7 结语 |
7.1 具体工作及结果 |
7.2 论文创新点 |
7.3 展望 |
参考文献 |
附录 |
附录1 论文中的附表 |
附录2 论文中其它附件 |
致谢 |
攻读博士学位期间取得的主要成果 |
学术论文 |
专利 |
(10)猪MC1R、ASIP、TYR、TYRP1和SLC45A2基因多态性及其与毛色相关性研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstrat |
缩略词表 |
第一章 文献综述 |
1 前言 |
2 毛色形成的生物学基础 |
2.1 黑素细胞的发育分化 |
2.2 黑色素的合成 |
3 毛色形成相关基因研究 |
3.1 MC1R基因与毛色 |
3.2 ASIP基因与毛色 |
3.3 TYR基因与毛色 |
3.4 TYRP1基因与毛色 |
3.5 SLC45A2基因与毛色 |
4 单核苷酸多态性研究 |
5 目的和意义 |
第二章 材料与方法 |
1 毛色分离群体的构建 |
2 本试验中毛色表型分类与记录 |
3 试验材料 |
3.1 试验动物 |
3.2 主要药品及试剂 |
3.3 缓冲液及常用试剂的配制 |
3.4 主要仪器和设备 |
4 试验方法 |
4.1 基因组DNA的提取 |
4.1.1 组织(耳组织)中DNA的提取 |
4.1.2 毛囊中DNA的提取 |
4.2 基因组DNA的提取结果的浓度测定与电泳检测 |
4.2.1 DNA的浓度测定 |
4.2.2 DNA的琼脂糖凝胶电泳检测 |
4.3 毛色基因多态性检测 |
4.3.1 定制化目标捕获测序技术 |
4.3.2 引物设计 |
4.4 统计分析 |
4.4.1 基因型频率及其基因频率的计算 |
4.4.2 遗传多态性分析 |
4.4.3 基因型与性状关联分析 |
4.4.4 主要分子生物学软件和网站 |
第三章 结果与分析 |
1 猪基因组DNA提取结果 |
2 MC1R基因试验结果 |
2.1 清平猪MC1R基因SNPs筛选 |
2.2 清平猪MC1R基因SNPs群体遗传结构分析 |
2.3 清平猪MC1R基因SNPs遗传多样性分析 |
2.4 F1代留种母猪MC1R基因rs45435032位点群体遗传结构分析 |
2.5 F1代留种母猪MC1R基因rs45435032位点遗传多样性分析 |
2.6 MC1R基因rs45435032位点与F2代7种毛色的关联分析 |
3 ASIP基因试验结果 |
3.1 清平猪ASIP基因rs695545599位点群体遗传结构分析 |
3.2 清平猪ASIP基因rs695545599位点遗传多样性分析 |
3.3 F1代留种母猪ASIP基因rs695545599位点群体遗传结构分析 |
3.4 F1代留种母猪ASIP基因rs695545599位点遗传多样性分析 |
3.5 ASIP基因rs695545599位点F2代7种毛色的关联分析 |
4 TYR基因试验结果 |
C位点群体遗传结构分析'>4.1 清平猪TYR基因g.22603899 G>C位点群体遗传结构分析 |
C位点遗传多样性分析'>4.2 清平猪TYR基因g.22603899 G>C位点遗传多样性分析 |
C位点群体遗传结构分析'>4.3 F1代留种母猪TYR基因g.22603899 G>C位点群体遗传结构分析 |
C位点遗传多样性分析'>4.4 F1代留种母猪TYR基因g.22603899 G>C位点遗传多样性分析 |
C位点与F2代7种毛色的关联分析'>4.5 TYR基因g.22603899 G>C位点与F2代7种毛色的关联分析 |
4.6 TYR蛋白的生物信息学分析 |
4.6.1 TYR蛋白序列的理化性质 |
4.6.2 TYR的信号肽预测 |
4.6.3 TYR蛋白序列二级结构分析 |
5 TYRP1基因试验结果 |
5.1 清平猪TYRP1基因SNPs位点群体遗传结构分析 |
5.2 清平猪TYRP1基因SNPs位点遗传多样性分析 |
5.3 F1代留种母猪TYRP1基因SNPs位点群体遗传结构分析 |
5.4 F1代留种母猪TYRP1基因SNPs位点遗传多样性分析 |
5.5 TYRP1基因SNPs位点与F2代7种毛色的关联分析 |
6 SLC45A2基因试验结果 |
6.1 清平猪SLC45A2基因rs318960545位点群体遗传结构分析 |
6.2 清平猪SLC45A2基因rs318960545位点遗传多样性分析 |
6.3 F1代留种母猪SLC45A2基因rs318960545位点群体遗传结构分析 |
6.4 F1代留种母猪SLC45A2基因rs318960545位点遗传多样性分析 |
6.5 SLC45A2基因rs318960545位点与F2代7种毛色的关联分析 |
第四章 讨论 |
1 MC1R基因SNPs位点与毛色的关系 |
2 ASIP基因SNPs位点与毛色的关系 |
3 TYR基因SNPs点与毛色的关系 |
4 TYRP1基因SNPs位点与毛色的关系 |
5 SLC45A2基因SNPs位点与毛色的关系 |
第五章 总结 |
1 本研究小结 |
2 本研究的创新之处 |
3 本研究的不足之处 |
参考文献 |
致谢 |
四、猪的毛色与生产性能(论文参考文献)
- [1]保山猪和杜×保仔猪MC1R基因型鉴定与分析[J]. 孔彩华,刘克娜,王钦,隋世燕,龚绍荣. 黑龙江畜牧兽医, 2021(15)
- [2]湘沙猪配套系毛色遗传研究[J]. 李玉莲,吴买生,夏敏,李朝晖,谭红. 养猪, 2021(04)
- [3]川乡黑猪杂交试验研究[J]. 陶璇,梁艳,应三成,钟志君,杨雪梅,雷云峰,龚建军,陈晓晖,舒刚,吕学斌,顾以韧. 中国畜牧杂志, 2021(S1)
- [4]基于高密度芯片开展牛杂种优势预测及相关基因鉴定[D]. 范婷婷. 中国农业科学院, 2021(09)
- [5]沙子岭猪、巴沙二元母猪繁殖性能及后代毛色性状测定分析[J]. 李玉莲,邓秋纯,谭红,李朝晖,夏敏,吴买生. 养猪, 2020(06)
- [6]四川省凉山州高二半山彝区适推猪种研究[J]. 孙艳,黄卫平,王强,黄剑锋,曾国茂,周国燕. 养猪, 2020(05)
- [7]东北野猪(Sus scrofa ussuricus)遗传多样性及全基因组序列分析[D]. 王文涛. 东北林业大学, 2020(09)
- [8]近交合作猪血液生理、生化指标及遗传特性的研究[D]. 杨帆. 甘肃农业大学, 2020(12)
- [9]基于基因组信息对金华猪种质特性及其保护、利用的研究[D]. 徐忠. 上海交通大学, 2020
- [10]猪MC1R、ASIP、TYR、TYRP1和SLC45A2基因多态性及其与毛色相关性研究[D]. 彭刚. 华中农业大学, 2019(02)