一、水产养殖动物基因组研究的现状及其应用前景（论文文献综述）
王亚利[1]（2021）在《四川华鳊早期发育及温度影响研究》文中提出四川华鳊（Sinibrama taeniatus）,一种仅分布在长江上游的小型鱼类,兼具保护价值和经济价值。而近年来,因三峡大坝的修建和梯级电站的开发,四川华鳊的产卵场、栖息地遭到破坏,加之人类的过度捕捞,其野生资源量急剧下降。因此,四川华鳊被四川省列为重点增殖放流对象,希望通过人工手段来实现其资源恢复。水温是影响鱼类产卵活动和生长发育的主要因素,建坝导致水库水温分层并出现滞冷效应,使四川华鳊的繁殖和早期发育受到一定程度的影响。四川华鳊于2017年5月在岷江水域采集,在实验室驯养1年后,挑选健康、性腺发育良好的成熟亲鱼进行人工催产,采用干法授精的方法获取受精卵,作为研究胚胎发育的实验材料,待胚胎孵化出膜后挑选正常的初孵仔鱼作为研究仔、稚鱼生长发育的实验材料。本文主要从形态学的角度研究四川华鳊早期发育特征及环境影响因子温度对其生长发育的影响。主要方法及结果如下:1.四川华鳊胚胎发育的特点及最佳孵化温度为了解四川华鳊胚胎发育特点,观察并记录25℃条件下胚胎发育各个阶段的形态特征。根据其胚胎发育特点,将发育过程分为受精卵、胚盘形成、卵裂、囊胚、原肠胚、神经胚、器官分化和出膜等8个连续发育阶段,孵化总历时44.83 h。为探究四川华鳊胚胎的最佳孵化温度,设置了16℃、19℃、22℃、25℃、28℃和31℃共6个温度观察胚胎发育情况。在温度为16℃时,胚胎发育至原肠胚晚期全部死亡;19℃时孵化率为30.00%,其中畸形致死占87.19%,显着高于其余4个温度组（P<0.05）;温度由19℃升至31℃时,胚胎发育所需时间变短,各温度间有显着性差异（P<0.05）,其中器官分化阶段均用时最长,占整个胚胎孵化历时的72.53%～77.07%;胚胎畸形率随着温度升高而上升,31℃时胚胎畸形率约为28℃时的2倍;在22～28℃温度条件下,胚胎的受精率、孵化率和成活率更高,畸形率更低。研究结果表明,水温在（19±1）℃,卵径（x）与胚胎孵化时间（y）的关系为y=49.56-44.36x+47.92x2（R2=0.996）;综合受精率、畸形率、成活率及发育速率,水温22～28℃为适宜孵化温度,最佳水温约为25℃;胚胎发育的生物学零度为12.69℃,有效积温为522.35～595.11℃·h。2.四川华鳊仔、稚鱼生长与形态发育特点及其适宜生长温度为积累四川华鳊的发育生物学资料和完善其苗种培育技术,使用显微数码拍摄系统对四川华鳊仔稚鱼的外部形态与内部结构特征进行观察。结果显示,在水温为25.0℃条件下,四川华鳊初孵仔鱼全长为（4.54±0.04）mm,卵黄囊前部呈椭圆,后部呈棒状,体积为（0.26±0.01）mm3。卵黄囊期仔鱼从初孵到卵黄吸收完全为止,历时8 d,全长特定生长率（SGRL）为5.99%。仔鱼出膜后3 d开始摄食,混合营养期为5 d,卵黄囊体积（V）与日龄（D）的关系:V=–0.0049D3+0.0369D2–0.1333D+0.2583（R2=0.9947）。晚期仔鱼从卵黄囊消失到鳞片出现,历时25 d,全长特定生长率为2.16%。稚鱼期从鳞片开始出现到鳞片完整,历时53 d,全长特定生长率为0.90%。为掌握仔、稚鱼发育阶段的最适生长温度,以刚出膜且发育正常的四川华鳊仔鱼为研究对象,共设置16℃、19℃、22℃、25℃、28℃和31℃6个温度梯度,并定期观察仔、稚鱼的生长发育进程。整个发育过程分为开口摄食、卵黄囊消失、鳞片出现和鳞被完整4个阶段,统计各个阶段的发育天数并测定全长、体长、体重等生长参数,统计死亡数量。结果显示,温度对仔、稚鱼生长发育影响较大。随着温度的升高,仔、稚鱼的发育进程加快,28℃和31℃组鳞被完整的时间均早于其他温度组,但与25℃组的时间差距不大。从全长和体重来看,28℃组均最大,25℃与31℃次之。随着温度的升高,四川华鳊仔、稚鱼存活率先上升后下降,22～28℃存活率均较高,其中,25℃组存活率最高。综合四川华鳊仔、稚鱼的发育进程、生长指标及存活率可知,25～28℃为四川华鳊仔、稚鱼生长发育的适宜温度。
李泽[2]（2020）在《翘嘴鳜高密度遗传图谱的构建、经济性状QTL定位及其相关分子标记的挖掘》文中认为翘嘴鳜（Siniperca chuatsi）是我国重要的淡水经济鱼类,主要分布于中国、越南、韩国等东亚国家,长久以来,一直被作为这些地区的名贵食用鱼类。翘嘴鳜在我国已有二十多年的规模养殖历史,近年来随着养殖规模的不断扩大,其种质退化比较严重,表现为生长速度减慢、抗病力低、性早熟等生物学特点,尤其该鱼传染性脾肾坏死病（ISKNV,infectious spleen and kidney necrosis virus）的流行,加大了鳜鱼养殖业的养殖风险,给养殖业带来了巨大的经济损失。本实验通过SLAF-seq（Specific-Locus Amplied Fragments Sequencing）技术批量开发 SLAF标记,并以此为基础构建了翘嘴鳜高密度遗传连锁图;进行了生长、抗ISKNV和性别决定等经济性状的QTL（quantitative trait locus）定位;开展了对相关性状SNP（Single nucleotide polymorphism）分子标记的筛选、鉴定以及将遗传图谱QTL区间与全长转录组DEG文库进行比对。本实验结果将为翘嘴鳜的分子选育工作提供一定的理论指导。1.基于SLAF-seq技术的翘嘴鳜遗传图谱的构建与评估以前期群体选育出的抗ISKNV性成熟个体作为父本和野生性成熟个体作为母本构建F1代家系,随机选取其中160尾子代和亲本共162尾个体作为作图群体,基于SLAF-seq技术构建翘嘴鳜遗传图谱。SLAF测序共获得744.24 M reads（182.92 G）,共开发获得SLAF标记208,841个,其中多态性SLAF标记18,418个,多态性比例达到8.82%;有12,365个标记成功进行基因型编码,其分离类型为 abxcd、efxeg、abxcc、ccxab、hkxhk、lmxll 和 nnxnp。筛除质量低、缺少亲本信息、严重偏分离等不适合构建图谱的标记,得到可用于作图的SLAF标记6,150个,过滤掉与其它SLAF标记的LOD值小于4的标记,最终共上图2,344个SLAF标记,上图标记的亲本平均测序深度为189.38X,子代平均测序深度34.94X,上图标记完整度为99.88%。翘嘴鳜遗传图谱共由24个LG组成,总图距为3,268.00 cM,平均图距2.34 cM。其中,最大的LG是LG22,其包含184个标记,图距长226.23cM;最小的LG是LG14,仅包含40个标记,图距长39.12 cM。雌性图谱包含1269个SLAFs,总图距2909.55cM;雄性图谱包含1500个SLAFs,总图距3,196.49 cM。本次构建的遗传图谱将为翘嘴鳜分子标记辅助育种工作提供一定的理论依据。2.翘嘴鳜作图群体的表型数据统计与经济性状QTL定位以构建的遗传图谱为基础,分析作图群体的免疫、生长以及性别性状,结果显示:共检测到11个与生长性状相关的QTL,其中,调控体重、全长、体高和体壳重性状的QTL均为1个,全部位于LG14;检测到3个调控体厚性状的QTL,分别位于LG11与LG18;检测到4个调控体长性状的QTL,分别位于LG2、LG14和LG24。检测到2个抗ISKNV相关性状的QTL分别位于LG18和LG21。共检测到2个参与性别决定的QTL,均位于LG23。在上述15个QTL中,与体宽性状相关的QTL区间内标记最多,共有7个SLAF标记;而与体长性状相关的QTL区间内标记最少,只有1个SLAF标记;与体高、体壳重、体长、全长和体重性状相关的QTL主要集中在LG14上,且这5个QTL有一段重叠区域（5.255-5.255 cM）;在这15个QTL中,关于调控体重和体壳重性状的QTL贡献率较高,分别为31.6和32.2。本实验结果将为翘嘴鳜遗传育种提供一定的理论依据。3.翘嘴鳜遗传图谱QTL区间中免疫和生长相关SNP分子标记的挖掘对翘嘴鳜QTL区间中的34个SNP位点进行引物设计,并在作图群体亲本基因组中进行PCR扩增,最终有16个位点成功扩增出目的条带,并在父母本中表现出多态性。采用KASP（Kompetitive Allele Specific PCR）基因分型技术进行检验,有13个SNP位点成功分型,其中1 1个位点在验证抗ISKNV相关性的300尾翘嘴鳜群体（150尾抗ISKNV,150尾易感）中表现出多态性;9个位点在验证抗ISKNV相关性的300尾翘嘴鳜群体中表现出多态性。经过统计学分析发现:Marker23012-2、Marker23657-1 和 Marker72680 与抗 ISKNV 性状极显着相关（p<0.01）,Marker28932位点的等位基因频率与抗ISKNV性状显着相关（p<0.05）;Marker23657-1 位点与体重极显着相关（p<0.01）,Marker23012-2 位点和体重极显着相关（p<0.01）,与体长显着相关（p<0.05）。这些SNP标记可以为翘嘴鳜的分子标记辅助育种工作提供一定的基础。另外,为了在无参考基因组条件下,在翘嘴鳜连锁图谱上进一步挖掘与经济性状相关的候选基因,将ISKNV刺激下筛选获得的大批量全长转录组差异表达基因的序列信息与遗传连锁图谱QTL区间的标签序列信息进行blast比对分析,结果显示:有273个差异表达基因定位在QTL区间的10个Marker上,其中,有13个差异表达基因定位在抗ISKNV性状相关QTL区间中的Marker65999和Marker52563位点上,这为翘嘴鳜抗ISKNV的分子标记开发和抗ISKNV选育提供了有价值的信息。
龚亮[3]（2019）在《一株新型戊糖片球菌的筛选及其对鱼类抗病性的影响》文中研究指明近年来利用益生菌作为饲料添加剂是淡水鱼类生态养殖上防控细菌性病害的有效新方法。本研究从海南三亚土壤中筛选获得一株戊糖片球菌（Pediococcus pentosaceus）新菌株,命名为戊糖片球菌SL001,并研究了该菌株的生物学特性、对草鱼抗病性及生长与免疫力的影响以及基因组特征,主要研究内容和结果如下:从海南三亚土壤中筛选到一株对鱼类病原菌具有广谱抑菌活性的乳酸菌,命名为SL001。根据形态学特征、生理生化特征以及16S rRNA基因测序鉴定,该菌株为戊糖片球菌（P.pentosaceus）新菌株。检测了SL001菌株的抑菌活性,发现该菌株对鱼类病原菌嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila）、维氏气单胞菌（Aeromonas veronii）、温和气单胞菌（Aeromonas sobria）、迟缓爱德华氏菌（Edwardsiella tarda）、类志贺邻单胞菌（Plesiomonas shigelloide）及格式乳球菌（Lactococcus garvieae）均具有较好的抑菌效果。研究中发现SL001菌株细胞对80℃高温、壮观霉素等多种抗生素和氧气具有一定的耐受性。经细胞培养试验表明,SL001菌株对草鱼肝脏L8824细胞系无毒害作用。SL001菌株发酵上清液中,抑菌活性物质对高温和蛋白酶均不敏感,且乳酸浓度随着培养时间的增加而增加,最高可达12.4 mmol/L。乳酸含量为0.3 mL、6.14 mmol/L时的发酵液可完全抑制嗜水气单胞菌的生长。为了研究SL001菌株的益生功能,对草鱼饲喂含有1×109 CFU/g SL001菌株的饲料30天。利用Illumina MiSeq平台对草鱼肠道微生物组测序分析的结果显示,厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和梭杆菌门（Fusobacteria）是试验组和对照组中的优势菌群。潜在益生菌片球菌属（Pediococcus）在试验组中的丰度显着高于对照组,而试验组中潜在病原菌,如气单胞菌属（Aeromonas）和弧菌属（Vibrio）的丰度显着低于对照组,SL001菌株能在草鱼肠道中稳定定殖。饲喂SL001菌株30天后,草鱼体重增长率和比生长率显着高于对照组;对试验草鱼的肠道组织H&E染色分析,发现与营养物质消化吸收有关的杯状细胞明显增多,肠道绒毛显着增长。试验组草鱼中肌肉抑制素（MSTN-1,MSTN-2）表达量显着下调,胰岛素样生长因子（IGF-1,IGF-2）表达量显着上调。试验组草鱼血清中酸性磷酸酶（ACP）和碱性磷酸酶（AKP）活性均显着高于对照组。试验组草鱼肝脏、脾脏中IgM和补体C3的表达量显着高于对照组,而IL8显着低于对照组。上述结果表明SL001菌株能促进草鱼的生长和提高其免疫力。攻毒试验表明,SL001菌株能显着降低嗜水气单胞菌感染后草鱼的死亡率。对戊糖片球菌SL001基因组进行分析,基因组全长为1,919,175bp,由1,842,476 bp的核基因组和76,699 bp的质粒基因组组成。预测到了1,889个CDS,2个CRISPR元件。借助COG、GO、KEGG功能注释和RAST注释,发现大部分基因与碳代谢、蛋白质和氨基酸代谢、核苷酸代谢以及膜转运过程有关。通过比较基因组分析发现,在基因家族分析中,SL001菌株基因组和同种其他不同菌株存在明显的差异;利用antiSMASH在线软件分析了SL001菌株中次级代谢产物基因簇,有2个次级代谢产物基因簇被预测到,其中一个基因簇与抗菌凝固素（coagulin）合成基因簇有40%的相似性,推测可能为抗菌凝固素中新成员。综上所述,本研究分离筛选到的戊糖片球菌SL001菌株经分类鉴定和基因组测序比较,显示为一株新菌株,该菌对草鱼抗病性显示出很好的抗病作用,并能促进草鱼生长和提高其免疫力。从基因组功能注释发现可能含有抗菌凝固素生物合成基因簇,表明利用该菌株作为益生菌用于饲料添加剂在鱼类养殖生产上具有潜在的应用价值。
陈鑫[4]（2019）在《发酵优化枯草芽孢杆菌HAINUP40及对罗非鱼应用效果分析》文中研究表明枯草芽孢杆菌作为一种安全、高效、无污染的微生物制剂,具有抑制病原菌、分泌有益物质、净化水体、促进生长、提高免疫力和调节肠道微生物等多方面的作用。本实验室在前期研究中分离获得了一株枯草芽孢杆菌HAINUP40,相关实验表明该菌株对无乳链球菌有较强的拮抗作用,对罗非鱼的生长有较好的促进作用,且具有较好的净水效果,为了该菌株在生产上的应用,本研究对其发酵条件进行了优化,并建立了简易发酵方法,同时研究该菌株在饲料中以不同状态及添加浓度条件下,对罗非鱼生长、非特异免疫力和抗无乳链球菌侵染能力的影响,并筛选最优势投喂菌株。首先,本研究采用响应面法对枯草芽孢杆菌HAINUP40发酵工艺进行优化。结果表明,枯草芽孢杆菌分泌拮抗物质的优化条件为:糖蜜浓度为1.5%、氯化钾浓度为0.1%、大豆蛋白胨浓度为1%、pH为7.5、接种量为6%、摇床转速为100r/min、装液量为64.431mL、温度为37℃时,拮抗圈的大小为9.44mm,较之优化前提高了 46.8%;枯草芽孢杆菌分泌胞外蛋白酶的优化条件为:糖蜜浓度为1.5%、氯化钾浓度为0.1%、大豆蛋白胨浓度为1%、pH为7.5、接种量为6%、摇床转速为1OOr/min、装液量为66.657mL、温度为37℃时,蛋白酶圈的大小为12.198mm,较之优化前提高了 33.8%;枯草芽孢杆菌菌体生长的优化条件为:糖蜜浓度为1.5%、氯化钾浓度为0.1%、大豆蛋白胨浓度为1%、pH为7.5、接种量为6%、摇床转速为100r/min、装液量为62.69mL、温度为37℃时,菌落数为11.273 lg/mL,较之优化前提高了 8.1%。其次,考虑生产成本问题,根据上述发酵工艺条件,以糖蜜、豆粕粉、氯化钾为基础发酵培养基,以“充气”方式代替了摇床,为枯草芽孢杆菌提供充足的氧气环境,建立了 50L密封罐简易发酵培养方法,经过20小时的发酵,枯草芽孢杆菌HATNUP40的产物与实验审发酵在同一数量级上,为生产发酵和应用奠定了基础。最后,本研究对简易发酵获得的枯草芽孢杆菌HAINUP40,将其按照不同添加量拌料投喂罗非鱼,并比较了活菌和死菌对罗非鱼生长特性、非特异性免疫指标和抵抗无乳链球菌致病能力的影响,最终确定对生长有较好促进作用的菌株状态及浓度。枯草芽孢杆菌HAINUP40对罗非鱼生长性能的影响测定结果显示,添加枯草芽孢杆菌HAINUP40的各组罗非鱼的体重增长率均高于对照组,其中,W10组体重增长率和特定生长率有显着性提升（P<0.05）;各HAINUP40投喂组罗非鱼的肝体比和脾脏指数与对照组无显着性差异（P>0.05）。枯草芽孢杆菌HAINUP40对罗非鱼非特异性免疫的影响测定结果显示:所有投喂HAINUP40的各组罗非鱼血清中溶菌酶（LZM）的含量均高于对照组,其中W10组、W8组、M10组和M6组中的溶菌酶含量显着性高于对照组（P<0.05）;M10组、M8组和W8组总抗氧化能力（T-AOC）显着性提高（P<0.05）;W8组和W6组中的总蛋白含量提升不显着（P>0.05）;W10组、W8组、W6组、M8组和M6组中的酸性磷酸酶活性提升不显着（P>0.05）;M10组、M6组、W8组、W6组与对照组无显着性差异（P>0.05）。在8周养殖结束后对7组罗非鱼采用腹腔注射的方式进行无乳链球菌攻毒实验,结果显示:各组罗非鱼在攻毒后第1-6天陆续出现死亡,第6天后罗非鱼状态趋于稳定且未见罗非鱼死亡,各HAINUP40投喂组罗非鱼死亡率均低于对照组（90%）,其中,W10组的罗非鱼死亡率最低（35%）。综上所述,本文确定了枯草芽孢杆菌HAINUP40的适宜发酵条件,并建立该菌株的简易发酵工艺,同时,研究了该菌株在饲料中添加剂量和菌株状态对罗非鱼非特异性免疫指标及罗非鱼抗无乳链球菌侵染能力的影响,为该菌株在罗非鱼养殖生产中的应用奠定了基础。
于杰伦[5]（2019）在《日本沼虾免疫应答相关基因的筛选与鉴定》文中进行了进一步梳理日本沼虾（Macrobrachium nipponense）是我国淡水虾类养殖业中重要的养殖品种之一,分布广泛。环境胁迫是制约水产养殖业健康发展的重要因素之一,其中氨氮和亚硝酸盐是众多化学污染胁迫因子中最为普遍,也是对机体生理功能影响最为显着的水体胁迫因子。本研究首先对日本沼虾在亚硝酸盐胁迫（10.0 mg/L）和氨氮胁迫（22.1 mg/L）下的免疫指标进行了研究,发现肝胰腺作为主要免疫器官,在日本沼虾抗氨氮和亚硝酸盐胁迫中具有重要作用,且48小时是关键时间点,之后分别进行了转录组实验。在亚硝酸盐胁迫实验中,以亚硝酸盐胁迫和未胁迫48h的日本沼虾的肝胰腺为研究对象,构建3个胁迫和3个未胁迫状态下的肝胰腺转录组文库;在氨氮胁迫实验中,以氨氮胁迫和未胁迫48h的日本沼虾的肝胰腺为研究对象,构建2个胁迫和2个未胁迫状态下的肝胰腺转录组文库。文库分别利用高通量测序平台分析鉴定日本沼虾肝胰腺中与氨氮和亚硝酸盐胁迫相关的差异表达基因,对胁迫下与免疫相关通路进行分析,并对与免疫应答相关的差异表达基因进行分析验证。主要研究结果如下:（1）在浓度为10.0 mg/L亚硝酸盐胁迫下,肝胰腺、血液、肌肉、鳃的SOD、T-AOC活性和血液组织的PO活性都有不同程度的变化趋势。肝胰腺、血液、和鳃组织的SOD活性均呈下降趋势;肝胰腺和肌肉的T-AOC活性、PO活性的最高点均出现在48h时间点上。可见肝胰腺作为免疫器官,在机体抗亚硝酸盐胁迫中有重要作用,48h是日本沼虾抗亚硝酸盐胁迫下的关键时间点。（2）在浓度为22.1 mg/L氨氮胁迫下,肝胰腺、血液、肌肉、鳃的SOD、T-AOC活性和血液组织的PO活性和都有明显的变化。肝胰腺、血液、肌肉组织的SOD活性、肝胰腺和肌肉的T-AOC活性、PO活性的最高点均出现在48h时间点上;肝胰腺的SOD和T-AOC活性是四种组织中最高的。可见,肝胰腺在机体抗氨氮胁迫中有重要作用,48h是日本沼虾抗氨氮胁迫下的关键时间点。（3）亚硝酸盐胁迫转录组测序,通过测序平台对构建的6个转录组文库进行测序,GO注释分析后发现,unigenes主要富集在代谢过程、催化活性过程、结合过程和细胞组分。KEGG通路富集到5529个unigenes,其中富集最多的是核糖体通路,RNA转运通路和溶酶体通路。是一共有13960个unigenes注释到26个KOG组中,信号转导机制和一般功能预测是富集最多的组。（4）亚硝酸盐胁迫转录组测序共鉴定出825个差异表达基因,包括762个显着上调基因和63个显着下调基因。对差异基因的GO和KEGG富集分析显示,被显着富集的60条通路中,富集最多的是RNA转运通路、溶酶体通路和嘌呤代谢通路。在免疫相关通路中,主要富集的通路有溶酶体通路、甘油脂代谢通路、吞噬体通路和JAK-STAT信号通路等。（5）在亚硝酸盐胁迫的转录组数据中,经过筛选得到21个与免疫应答相关的差异表达基因,其中19个显着上调,2个显着下调。对21个差异基因进行聚类分析,发现明显聚成两类。21个差异表达基因富集最多的在溶酶体通路,其次是丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢通路、精氨酸脯氨酸代谢通路和JAK-STAT信号通路。（6）对亚硝酸盐胁迫下筛选出的免疫应答相关通路和基因进行研究,通过对溶酶体通路和JAK-STAT信号通路上的差异表达基因进行研究发现,亚硝酸盐胁迫启动了免疫应答相关基因的表达;证明溶酶体通路、JAK-STAT信号通路和相关免疫应答基因在日本沼虾受亚硝酸盐胁迫时,对机体有一定的保护作用。（7）通过氨氮胁迫转录组测序,构建了4个转录组文库进行双末端测序,对每个转录组文库获得的raw reads进行转录拼接,对clean reads进行分析筛选,有2858个unigenes被五大数据库共同注释,对unigenes进行GO注释分析后发现,它们主要富集在代谢过程、细胞过程、单个有机体过程组分。（8）通过筛选,从对照组和胁迫组中一共得到56663个表达的基因（fpkm>0.3）。在两组中共同表达的基因有27466个。对差异表达基因的GO分析显示有344个差异表达基因富集在单一生物体过程,上调基因主要富集在细胞过程（193）,下调基因主要富集在代谢过程（188）。对差异表达基因的KEGG分析显示被显着富集的20条通路:补体和凝血级联通路、血小板激活通路和糖酵解/糖异生是被富集的子通路最多的三条通路。（9）在氨氮胁迫的转录组数据中,经过筛选得到44个与免疫应答相关的差异表达基因,包括23个上调基因,21个下调基因。对相关的差异表达基因进行聚类分析,发现明显的聚成两类。KEGG分析显示,主要富集到与免疫系统相关的补体和凝血级联通路、血小板激活通路、抗原处理和呈递通路等。（10）对氨氮胁迫筛选出的免疫相关通路和基因进行研究,发现补体和凝血级联通路是富集免疫相关差异基因最多的通路。对通路上的差异表达基因C3和CFI进行研究,发现氨氮胁迫启动了免疫应答相关基因的表达,证明在日本沼虾受氨氮胁迫时,机体启动了补体和凝血级联通路等对机体有保护作用的免疫应答通路。综上所述,通过对日本沼虾在氨氮胁迫（22.1 mg/L）和亚硝酸盐胁迫（10.0 mg/L）时的免疫指标的影响进行了研究。利用高通量测序平台分别分析鉴定日本沼虾肝胰腺中与氨氮和亚硝酸盐胁迫相关的差异表达基因,对胁迫下与免疫应答相关基因和信号通路进行分析,共检测到825个与亚硝酸盐胁迫相关的差异表达基因和887个与氨氮胁迫相关的差异表达基因,筛选出21个在亚硝酸盐胁迫下免疫应答相关的差异表达基因和44个在氨氮胁迫下免疫应答相关的差异表达基因。筛选出2个与亚硝酸盐胁迫下免疫相关的通路和富集在通路上的免疫关键基因,1个与氨氮胁迫相关的免疫调控通路和富集在通路上的免疫关键基因。这些分子水平的反应证实了所筛选出的与胁迫相关的差异表达基因和细胞信号通路,在日本沼虾抗氨氮和亚硝酸盐胁迫的保护机制中起着重要的作用。这些基因和通路可作为应激条件下日本沼虾自身防御反应的分子免疫学指标。本研究产生了大量的数据,这为今后进一步揭示虾的免疫防御机制奠定了基础,也为日本沼虾的免疫反应提供了新的思路;为培育抗氨氮和亚硝酸盐胁迫的新品种奠定了基础。
秦振阳[6]（2018）在《黑斑蛙“歪头病”病原菌的分离鉴定及全基因组测序分析》文中研究表明蛙类歪头病是一种以头部歪斜、眼球白内障、运动失调为典型症状的蛙类疾病,该病致死率高、传播迅速、连年发生、用药效果不佳,严重威胁蛙类养殖业。不同研究者从具有该类症状的病蛙中分离出至少9种具致病力的细菌,其中脑膜炎败血伊丽莎白菌（Elizabethkingia meningoseptica）最多见。本研究从湖南岳阳发生歪头病的黑斑蛙脑部、眼球、肝脏、卵巢等多处组织器官分离到一株革兰阴性杆菌,经回归试验确认其致病性,通过细菌形态、生理生化特性、16s rDNA基因构建系统发育树等传统方法,认为其为脑膜炎败血伊丽莎白菌,但经全基因组测序,比对物种鉴定相关的非冗余蛋白质数据库（NR,Non-Redundant Protein Database）,证实其为米尔伊丽莎白菌（Elizabethkingia miricola）。扫描电镜显示,菌体表面常具一凹陷,不同菌体之间有桥状结构连接,菌体平均大小1.72±0.6μm×0.48±0.7μm,透射电镜下可见菌体明显分三层。病原菌在BHI液体培养基,28℃、160r/min的培养条件下,第17h起进入平台期。该病原对对美福仙、链霉素、强力霉素、阿奇霉素、麦迪霉素、氟苯尼考、利福平等7种药物敏感。自然发病蛙的组织病理学观察显示:肝细胞肿大,多空泡出现,变性坏死;有心外膜炎;脑细胞轻度水肿,有炎症灶;眼球视杆视锥层细胞变性溶解;其他组织未见明显异常。这是病蛙歪头、运动失调、出现白内障的组织病理学基础。最后,本研究对米尔伊丽莎白菌分离株HNW1681进行了全基因组测序和分析,概览了其基因组基本情况,挖掘了其基因组中关于病原生存、致病、抗性产生、进化等多方面的基因信息并选取重点做了初步解读。通过以上研究,证实米尔伊丽莎白菌为引起本次黑斑蛙歪头病的病原,传统鉴定手段不能清晰区别米尔伊丽莎白菌和脑膜炎败血伊丽莎白菌。首次报道了本菌的透射电镜和扫描电镜观察结果。通过大体症状和病理学观察的联合解读,描述了其心脏、肝脏、脑、眼等不同程度的病理变化,揭示了该病各类症状的病理基础。在基因组研究中揭示出的病原特性,进一步揭示了该病原的致病机理。
杨炳辉[7]（2018）在《昆虫蛋白粉替代鱼粉配合几丁质酶在罗非鱼上的应用研究》文中认为昆虫蛋白粉是一种新型蛋白源,具有蛋白质含量高、氨基酸含量相对平衡、富含维生素和矿物质、适口性较好等优点,并含有免疫活性物质,具有抗菌、抗病毒的作用。同时,昆虫具有生长迅速,繁殖力强,以生物废弃物为食,饲料转化率高,易于养殖等优势。但昆虫蛋白粉中含有丰富的几丁质,是昆虫蛋白粉中的抗营养因子。几丁质是由N-乙酰氨基葡萄单糖通过β-1,4-糖苷键连接而成的难溶的生物多聚物,在自然界中含量仅次于纤维素。几丁质酶是一类能通过水解N-乙酰氨基葡萄糖苷键把几丁质降解为低分子量的水解酶。外切酶Chi92属于几丁质酶的其中一种,酶解几丁质为几丁二糖。Chi92最适pH为6.0,在pH4.09.0保留58.1%以上活性;最适温度40℃,在2040℃保留48.8%以上活性。为检验酶制剂Chi92的效果,分别用0 U/g、4 U/g、8 U/g、16 U/g的酶量对昆虫蛋白粉进行体外酶解试验。结果表明不同含量的几丁质酶对几丁质均有酶解效果,还原糖的含量分别提高28.6%、40%、50%。Chi92适合在水产饲料中使用,能够有效的降解几丁质从而提高饲料中昆虫蛋白粉的利用率,使昆虫蛋白粉能够替代鱼粉从而降低饲料成本、提高水产养殖动物的生产性能等。为探讨昆虫蛋白替代鱼粉配制饲料对罗非鱼的养殖效果,实验罗非鱼共分5组,每组3个重复,每个重复30尾,体重为1.74±0.02 g。对照组D1为罗非鱼基础饲料,在等氮等能的原则上,D2、D4组分别用3%、6%昆虫蛋白粉等量替代鱼粉,D3、D5组分别在D2、D4组的基础上添加16 U/g的几丁质酶,养殖56天。结果如下:在生长性能方面D3、D5的增重率、特定生长率显着高于对照组;D5的增重率、特定生长率、饲料系数、蛋白质效率最佳;D3的摄食量最佳;在体成分方面,各试验组与对照组差异不显着;在表观消化率方面,D3、D5对饲料的干物质、粗蛋白、粗脂肪的消化率显着高于对照组,D5的效果最佳;在肠道的免疫和抗氧化能力方面,D3、D5显着提高GPx、GST、GSH、LZ、ACP的酶活,D3显着提高CAT、GR的活性并降低MDA含量,其中D3的MDA、CAT、GR、GST、GSH、LZ、ACP的效果最佳,D5的GPx效果最佳;在血清方面,各试验组的HDL-C、LDL-C、GLU、GSP、TBA、TC、TG、SOD、MDA、GPx与对照组差异不显着。总体来说,D3、D5优于D2、D4。综上所述,昆虫蛋白粉可以提高罗非鱼的增重率、特定生长率、摄食量、蛋白质效率、降低饵料系数,提高养殖罗非鱼的营养成分、表观消化率、免疫及抗氧化能力。在昆虫蛋白粉的基础上配合几丁质酶Chi92,效果更好,其中D3最好。说明昆虫蛋白粉能促进罗非鱼的生长与健康,同时几丁质酶Chi92能有效降解几丁质,消除抗营养因子。该研究成果为进一步研究昆虫蛋白粉及几丁质酶对鱼类生理生化的影响机制奠定了基础,为研制基于昆虫原料的水产高效配合饲料提供了理论依据。
董林松[8]（2018）在《大黄鱼和黄姑鱼基因组选择研究》文中研究说明大黄鱼和黄姑鱼是我国重要的海水养殖鱼类,对其经济性状进行遗传改良将有助于提高养殖效益。本研究针对大黄鱼和黄姑鱼的基因组育种方法展开研究,主要的研究内容有:（1）开发基因组预测方法（Mix P）的两种新的计算策略和一种新的FBayesC预测方法;（2）将各种基因组预测方法在大黄鱼和黄姑鱼的经济性状上进行对比研究;（3）使用单标记分析（SMA）和贝叶斯模型对大黄鱼的经济性状进行全基因组关联分析（GWAS）比较研究;（4）研究节省基因组育种费用的方法;（5）对水产物种基因组选择育种的前景进行探讨。主要结果如下:1.提出MixP的两种新的计算策略:基于迭代条件期望（ICE）算法的MixP和基于蒙特卡洛-马尔科夫链（MCMC）算法的MixP;成功开发出FBayesC预测方法,该方法认为SNP效应值服从正态分布,比先验分布为拉普拉斯分布的FBayesB具有更好的稳定性。2.对500尾大黄鱼进行了DNA提取,通过Genotyping-by-sequencing（GBS）方法构建文库从基因组中挖掘到124 419个有效的SNP位点。使用十种预测模型对经济性状进行基因组预测。结果显示,GBLUP,RRBLUP,BayesA,BayesCπ和MMix P的预测能力较高,而Bayes B,FBayesB,FBayesC和FMix P的稳定性与有效应（或大效应）的SNP比例的设定值（π或γ）和影响性状的QTL数目有关。emBayesB在所有方法中的预测结果最差,FBayes B在γ取值较大时预测效果较差,甚至不能得到明确结果,原因与这两种方法的先验分布有关。3.从393尾黄姑鱼中挖掘到81 991个SNP位点。使用BayesB,FMix P和GBLUP方法进行了基因组预测。针对黄姑鱼和大黄鱼结果的差异,讨论了参考群的采样时期和构建方式。4.在大黄鱼性状上使用了SMA,BayesC和FBayesC-GWAS三种方法进行GWAS研究,结果显示在有些位点上,三种方法的结果较为一致,但有些显着位点只能在两种方法中找到。建议同时采用多种模型进行GWAS研究,以期找到更多与性状相关的SNP位点。5.经研究提出了两种节省基因组育种费用的策略:（1）使用极端表型的个体作为参考群;（2）先预选部分SNP标记,然后在候选群体上只捕获这部分SNP位点的信息。两种方法分别可以在参考群体和候选群体上节省基因组选择育种费用。本研究对大黄鱼和黄姑鱼性状进行了基因组预测,挖掘了部分重要经济性状的候选基因位点,并提出针对水产物种的基因组育种策略;通过利润核算,认为虽然基因组育种费用昂贵,但该技术在水产上仍然具有美好的前景。
李瑶瑶[9]（2018）在《两种茴鱼和魁蚶的系统发育及分类地位研究》文中提出1、两种茴鱼的线粒体全基因组序列特征及系统发育分析通过PCR扩增、测序和拼接技术测定了新疆北极茴鱼和蒙古茴鱼的线粒体基因组全序列,对其序列特征、结构组成和密码子的使用等进行研究。结合已有的11种茴鱼属鱼类线粒体基因组（mtDNA）全序列,分析编码基因的非同义突变率与同义突变率的比值（Ka/Ks）和遗传距离,并用邻接法（NJ法）和最大似然法（ML法）构建进化树,研究茴鱼属的系统发育关系,结果显示:新疆北极茴鱼和蒙古茴鱼线粒体基因组全长分别为16,658 bp和16,652 bp,由2个rRNA基因、13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因和1个控制区组成,AT含量高于CG含量。在蛋白质编码基因中,NADH脱氢酶亚基1基因（ND1）和ATP合酶Fo亚基6（ATP6）的Ka/Ks较低,而ATP合酶Fo亚基8（ATP8）和细胞色素C氧化酶亚基Ⅱ基因（COX2）比率较高,新疆北极茴鱼的线粒体基因组组成结构特征与蒙古茴鱼基本一致。新疆北极茴鱼和蒙古茴鱼的遗传距离最近（0.008）,与北极茴鱼为0.039,已达到种间的分化程度（0.0380.058）,与蒙古茴鱼远低于属内种间的分化程度,应该是同一物种不同群体间的变异。系统发育树均显示新疆北极茴鱼和蒙古茴鱼聚为一小支,亲缘关系最近,北极茴鱼和堪察加茴鱼聚为一小支。上述结果证明新疆北极茴鱼并不是真正的北极茴鱼,而和蒙古茴鱼是同一个种。2、鲑科鱼类系统发育分析利用测得的两种茴鱼以及从GenBank中下载40种鲑科鱼类的mtDNA全序列,通过生物信息学的方法分析其结构组成和变异特点,评估不同基因在研究系统发育时的适用性,并基于NADH脱氢酶亚基4基因（ND4）、ND1和细胞色素b（Cytb）构建进化树来探讨鲑科鱼类的系统发育关系,结果显示:鲑科鱼类线粒体基因组的结构和基因排列顺序和其它硬骨鱼类的相同,其全长为16,526 bp16,997 bp,AT含量高于GC。在所有编码基因中,NADH脱氢酶亚基2基因（ND2）的序列变异程度和遗传距离最大,16S rRNA的变异程度最小,12S rRNA的遗传距离最小。从进化树可以看出白鲑亚科位于祖先的位置,是最早出现分化的一枝,鲑亚科和茴鱼亚科亲缘关系较近,互为姐妹群,拓扑结构表明同属的鱼都可以单独聚为一类,是单系起源。3、魁蚶中国群体的分类地位测定了魁蚶中国群体的细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因（COX1）和12S rRNA基因,并结合蚶科27种贝类的同源序列,分析其序列特征和遗传距离,以贻贝为外群,用ML法和NJ法构建蚶科贝类的分子系统进化树,结果表明:魁蚶中国群体的COX1和12S rRNA基因长度为1,584 bp和673 bp,其碱基组成、密码子使用率及变异位点等与魁蚶日本群体和粗饰蚶属的Anadara sativa相似,且遗传距离最小（0.000）;进化树中魁蚶中国群体、魁蚶日本群体和粗饰蚶属的Anadara sativa聚为一支,再与毛蚶聚类,亲缘关系很近,初步确定魁蚶中国群体的分类地位和魁蚶日本群体的一致。4、双壳贝类系统发育分析测定了魁蚶中国群体的ND1、COX1和Cytb基因,并下载了双壳纲65个种类的同源序列进行分析,用ML法构建系统发育树,研究双壳纲贝类线粒体基因变异规律及其分子系统进化关系。结果显示:双壳贝类ND1、COX1和Cytb序列有插入/缺失序列,存在明显的长度多态性,AT含量都高于GC,具有明显的AT偏好。目内科间遗传距离在0.1690.468之间,目间遗传距离在0.3232.557之间。ML树表明双壳纲的所有种类都形成了单系发生的进化枝,不同基因构建的进化树中翼形亚纲的系统发生关系不一致,异齿亚纲表现为单系性,部分帘蛤目和海螂目的种类彼此嵌套,没有完全聚到所属支系,缝栖蛤科从海螂目中分离出来。蛏螂目位于进化树的基部,古异齿亚纲和古列齿亚纲聚为一支,亲缘关系可能较近。
何艺宾[10]（2018）在《海洋动物抗菌肽Scygonadin-Hepcidin融合基因在藻类和拟南芥中的高效表达及其抗菌功能的研究》文中指出抗菌肽（antimicrobialpeptides）是一类具有抗微生物活性的小分子多肽,广泛分布于各生物体内,是生物体内天然免疫防御系统的一个重要组成部分。抗菌肽具有抗菌谱广、易溶于水、进入生物体内无有害残留、不易产生耐药性等优点,有望成为一种新型、高效、环保的抗生素替代品。天然抗菌肽在生物体内含量少、不易分离与提取,且制备的费用较高,因此利用基因工程技术是实现抗菌肽规模化生产的主要手段之一。生物反应器（Bioreactor）是指利用生物系统实现有重要经济价值外源蛋白质的大规模生产。小球藻作为真核细胞具有生长周期短、生产成本低、易于大规模培养等特点,因而转基因小球藻作为生物反应器生产生物活性物质已成为基因工程研究的热点之一。本研究利用本实验室已分离鉴定的拟穴青蟹抗菌肽Scygonadin和大黄鱼抗菌肽Hepcidin融合基因,通过基因工程技术,实现了抗菌肽Scy-hepc融合基因在转基因小球藻中的稳定表达,并研究了其基因表达产物的抗菌活性及探索了转抗菌肽Scy-hepc融合基因的小球藻在水产养殖业的应用,为未来抗菌肽Scy-hepc的产业化提供理论依据和技术支撑。同时获得了转抗菌肽Scy-hepc融合基因的拟南芥新品种,研究了抗菌肽Scy-hepc在转基因拟南芥中的表达及其抗菌活性,为Scy-hepc在农作物生产中的应用提供理论依据和技术支撑。主要研究结果如下:1.转抗菌肽Sty-hepc融合基因小球藻的构建、稳定表达及其抗菌活性:构建了抗菌肽Scy-hepc融合基因植物双元表达载体,利用电转化方法,经过潮霉素抗性筛选、PCR鉴定、Western blotting分析和GFP荧光检测,获得了稳定表达抗菌肽Scy-hepc融合基因的转基因小球藻,结果表明其表达产物具有抗菌活性,能够抑制嗜水气单胞菌和金黄色葡萄球菌的生长。2.转Scy-hepc融合基因的小球藻具有免疫保护作用:以黑鲷和珍珠龙胆石斑鱼为实验对象,以灌胃方式分别喂食转Scy-hepc融合基因的小球藻和野生型小球藻,进一步用嗜水气单胞菌人工侵染上述两种鱼类,发现喂食转基因小球藻的黑鲷和珍珠龙胆石斑鱼的成活率均显着高于对照组。3.抗菌肽Scy-hepc融合基因在细基江蓠繁枝变种中的表达:优化了酶解条件,成功分离出细基江蓠繁枝变种的原生质体,利用电转化方法,实现了抗菌肽Scy-hepc融合基因在细基江蓠繁枝变种原生质体中的瞬时表达,Western blotting分析能够检测到特异性目的蛋白条带;利用植物激素,成功诱导出细基江蓠繁枝变种外植体的类愈伤组织,利用农杆菌介导法,实现了抗菌肽Scy-hepc融合基因在类愈伤组织中的表达,转基因类愈伤组织在荧光显微镜下观察能见到发GFP绿色荧光的细胞团。4.转抗菌肽Scy-hepc融合基因拟南芥的构建、稳定表达及其抗菌活性:利用农杆菌介导的方法,用携带抗菌肽Scy-hepc融合基因的农杆菌侵染拟南芥花絮获得了转基因种子,经过潮霉素抗性筛选、PCR鉴定和Western blotting分析获得了 F1代转基因植株种子;再经过潮霉素抗性筛选、PCR鉴定和Westem blotting分析获得了 F2代稳定表达抗菌肽Scy--hepc融合基因的转基因拟南芥新品系;提取的F2代转基因植株叶片总蛋白具有抗菌活性,能够抑制金黄色葡萄球菌的生长,F2代转基因植株叶片具有抗禾谷镰孢菌侵染的能力。
二、水产养殖动物基因组研究的现状及其应用前景（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、水产养殖动物基因组研究的现状及其应用前景（论文提纲范文）
（1）四川华鳊早期发育及温度影响研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 四川华鳊简介 |
| 1.1.1 生物学特性 |
| 1.1.2 研究进展 |
| 1.2 长江上游特有鱼类的人工繁殖 |
| 1.3 鱼类早期发育研究 |
| 1.3.1 鱼类早期生活史 |
| 1.3.2 鱼类胚胎发育的研究进展 |
| 1.3.3 仔、稚鱼相关的研究进展 |
| 1.4 温度对鱼类早期生长发育的影响 |
| 1.4.1 温度对胚胎发育的影响 |
| 1.4.2 温度对仔、稚鱼生长发育的影响 |
| 1.5 研究目的与意义 |
| 第2章 温度对四川华鳊胚胎发育的影响 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 亲鱼来源 |
| 2.1.2 人工催产及胚胎孵化 |
| 2.1.3 胚胎观察 |
| 2.1.4 不同温度胚胎发育 |
| 2.1.5 数据处理 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 胚胎发育过程(25℃条件下) |
| 2.2.2 不同温度对四川华鳊胚胎发育影响 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 四川华鳊胚胎发育特征 |
| 2.3.2 温度、卵径大小与胚胎孵化历时的关系 |
| 2.3.3 温度对胚胎发育的影响 |
| 2.4 小结 |
| 第3章 四川华鳊仔稚鱼生长与形态发育研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 受精卵来源 |
| 3.1.2 受精卵孵化和仔稚鱼管理 |
| 3.1.3 实验方法 |
| 3.1.4 仔稚鱼阶段划分 |
| 3.1.5 数据处理 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 仔稚鱼的生长与发育 |
| 3.2.2 仔稚鱼的生长模型 |
| 3.2.3 卵黄囊的吸收 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 四川华鳊仔稚鱼发育特点 |
| 3.3.2 卵黄囊体积与开口摄食时间的关系 |
| 3.3.3 混合营养期 |
| 3.3.4 四川华鳊仔稚鱼的生长速率 |
| 3.4 小结 |
| 第4章 温度对四川华鳊仔、稚鱼生长发育及存活率的影响 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 材料 |
| 4.1.2 温度设置 |
| 4.1.3 试验方法 |
| 4.1.4 数据处理 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 温度对四川华鳊仔、稚鱼生长发育的影响 |
| 4.2.2 温度对四川华鳊仔稚鱼发育进程的影响 |
| 4.2.3 四川华鳊仔稚鱼全长与日龄的关系 |
| 4.2.4 温度对四川华鳊仔稚鱼存活率的影响 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 温度与仔、稚鱼生长发育进程 |
| 4.3.2 温度与仔、稚鱼存活率 |
| 4.4 小结 |
| 第5章 总结及展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在校期间发表论文及参加科研实践情况 |
（2）翘嘴鳜高密度遗传图谱的构建、经济性状QTL定位及其相关分子标记的挖掘（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 文献综述 |
| 1. 翘嘴鳜养殖产业存在的病害问题 |
| 2. 遗传图谱构建 |
| 2.1 遗传图谱构建的原理及发展 |
| 2.2 遗传图谱的构建方法 |
| 3. 基因组测序技术 |
| 3.1 基因组测序技术的发展概况 |
| 3.2 第一代测序技术 |
| 3.3 第二代测序技术 |
| 3.4 第三代测序技术 |
| 3.5 SLAF-seq测序技术 |
| 4. 鱼类遗传图谱研究进展 |
| 4.1 模式鱼类遗传图谱 |
| 4.2 养殖鱼类遗传图谱 |
| 5. QTL定位 |
| 5.1 数量性状QTL |
| 5.2 QTL定位的原理 |
| 5.3 QTL定位的方法 |
| 6. 鱼类SNPs的研究进展 |
| 6.1 生长性状相关SNPs的研究进展 |
| 6.2 免疫相关SNPs的研究进展 |
| 6.3 抗逆性状相关SNPs的研究进展 |
| 6.4 性别决定相关SNPs的研究进展 |
| 7. 本研究的目的及意义 |
| 试验一 基于SLAF-seq技术的翘嘴鳜遗传图谱构建与评估 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 作图群体的构建 |
| 1.2 ISKNV病毒对翘嘴鳜半致死浓度的确定 |
| 1.3 作图群体对ISKNV抗病及易感性状的获得 |
| 1.4 SLAF文库构建和测序 |
| 1.5 SLAF标记的开发 |
| 1.6 遗传图谱的构建 |
| 2. 结果 |
| 2.1 测序数据评估 |
| 2.2 翘嘴鳜作图群体的SLAF-seq建库评估及数据统计 |
| 2.3 SLAF标记多态性分析及基因分型 |
| 2.4 高密度遗传图谱的构建 |
| 2.5 高密度遗传图谱的评估 |
| 2.5.1 单体来源评估 |
| 2.5.2 连锁关系评估 |
| 3. 讨论 |
| 试验二 翘嘴鳜作图群体表型数据统计及经济相关性状QTL定位 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 表型数据测量 |
| 1.3 QTL定位 |
| 2. 结果 |
| 2.1 翘嘴鳙经济性状的QTL定位 |
| 2.2 QTL区间的分布及QTL区间内的SLAF标记统计 |
| 3. 讨论 |
| 试验三 翘嘴鳜遗传图谱QTL区间免疫和生长相关分子标记的挖掘 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 2. 结果 |
| 2.1 经济性状QTL区间中的SLAF标记上的SNP的筛选 |
| 2.2 翘嘴鳜抗ISKNV和易感群体遗传多样性检测 |
| 2.3 翘嘴鳜经济性状QTL区间中SLAF标记上的多态性SNPs与ISKNV抗性的相关性验证 |
| 2.4 翘嘴鳜生长性状验证群体遗传多样性检测 |
| 2.5 翘嘴鳜经济性状QTL区间中SLAF标记上的多态性SNPs与生长性状的相关性分析 |
| 2.6 QTL与转录组差异表达基因的联合分析 |
| 3. 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
（3）一株新型戊糖片球菌的筛选及其对鱼类抗病性的影响（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 鱼类病害及其防控 |
| 1.1.1 鱼类水产养殖现状 |
| 1.1.2 鱼类病害发生 |
| 1.1.3 鱼类水产养殖常见细菌性病害 |
| 1.1.4 病害防控研究 |
| 1.2 乳酸菌研究 |
| 1.2.1 乳酸菌主要成员 |
| 1.2.2 乳酸菌拮抗作用及其影响宿主抗病研究 |
| 1.2.3 乳酸菌对肠道菌群的调节 |
| 1.2.4 乳酸菌对鱼类生长的影响 |
| 1.2.5 乳酸菌对鱼类免疫的调节 |
| 1.2.6 戊糖片球菌及其在水产养殖中应用 |
| 1.3 细菌基因组学 |
| 1.3.1 基因组测序技术的发展 |
| 1.3.2 细菌素及其产生菌功能基因组学 |
| 1.4 研究目的及意义 |
| 第二章 鱼类病原菌拮抗性乳酸菌的筛选与鉴定 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 试验材料与主要仪器 |
| 2.2.1 样品采集 |
| 2.2.2 鱼类病原指示菌 |
| 2.2.3 培养基 |
| 2.2.4 试验主要试剂 |
| 2.2.5 主要仪器 |
| 2.3 试验方法 |
| 2.3.1 鱼类病原菌拮抗性乳酸菌的筛选 |
| 2.3.2 鱼类病原菌拮抗性乳酸菌的鉴定 |
| 2.4 结果分析 |
| 2.4.1 鱼类病原菌拮抗性乳酸菌的筛选 |
| 2.4.2 鱼类病原菌拮抗性乳酸菌的鉴定 |
| 2.5 小结与讨论 |
| 第三章 戊糖片球菌SL001 生物学特性分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 试验材料与主要仪器 |
| 3.2.1 供试菌株 |
| 3.2.2 供试鱼类细胞系 |
| 3.2.3 培养基 |
| 3.2.4 试验主要试剂 |
| 3.2.5 主要仪器 |
| 3.3 试验方法 |
| 3.3.1 新菌株SL001 生长曲线测定 |
| 3.3.2 新菌株SL001 发酵上清液抑菌活性物质理化性质分析 |
| 3.3.3 新菌株SL001 的耐热性分析 |
| 3.3.4 新菌株SL001 的耐药性分析 |
| 3.3.5 新菌株SL001 的氧耐受性分析 |
| 3.3.6 新菌株SL001 与嗜水气单胞菌共凝集试验 |
| 3.3.7 菌株SL001 发酵上清液乳酸抑菌浓度 |
| 3.3.8 新菌株SL001 对鱼安全性评估 |
| 3.4 结果分析 |
| 3.4.1 新菌株SL001 生长特征分析 |
| 3.4.2 抑菌活性物质理化性质 |
| 3.4.3 菌株SL001 的耐热性 |
| 3.4.4 菌株SL001 的药物敏感结果 |
| 3.4.5 菌株SL001 对氧耐受性分析 |
| 3.4.6 菌株SL001 与嗜水气单胞菌共凝集结果 |
| 3.4.7 菌株SL001 发酵上清液乳酸浓度与嗜水气单胞菌生长的关系 |
| 3.4.8 菌株SL001 对细胞安全性评估 |
| 3.5 小结与讨论 |
| 第四章 戊糖片球菌SL001 对草鱼生长及抗病的影响 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 试验材料与主要仪器 |
| 4.2.1 试验菌株 |
| 4.2.2 试验用鱼 |
| 4.2.3 培养基和鱼饲料 |
| 4.2.4 其他试验耗材 |
| 4.2.5 试验主要试剂 |
| 4.2.6 主要仪器 |
| 4.3 试验方法 |
| 4.3.1 试验鱼饲养与分组 |
| 4.3.2 高通量测序技术分析SL001 对肠道菌群的影响 |
| 4.3.3 菌株SL001 在肠道中的定殖分析 |
| 4.3.4 草鱼饲喂SL001 菌株后肠道结构的变化 |
| 4.3.5 草鱼饲喂SL001 菌株后体重的变化 |
| 4.3.6 菌株SL001 对草鱼生长相关基因表达的影响 |
| 4.3.7 菌株SL001 对草鱼非特异性免疫力的影响 |
| 4.3.8 菌株SL001 对草鱼特异性免疫力的影响 |
| 4.3.9 草鱼饲喂SL001 菌株后攻毒试验 |
| 4.4 结果分析 |
| 4.4.1 菌株SL001 对肠道菌群的影响 |
| 4.4.2 菌株SL001 在草鱼肠道中定殖分析 |
| 4.4.3 菌株SL001 对草鱼肠道结构的影响 |
| 4.4.4 菌株SL001 对草鱼体重的影响 |
| 4.4.5 草鱼饲喂SL001 菌株后肌肉中生长相关基因的表达 |
| 4.4.6 草鱼饲喂SL001 菌株后非特异性免疫的变化 |
| 4.4.7 菌株SL001 对草鱼特异性免疫的影响 |
| 4.4.8 菌株SL001对草鱼保护力的影响 |
| 4.5 小结与讨论 |
| 第五章 戊糖片球菌新菌株SL001 基因组分析 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 试验材料与主要仪器 |
| 5.2.1 试验菌株 |
| 5.2.2 培养基 |
| 5.2.3 试验主要试剂 |
| 5.2.4 主要仪器 |
| 5.3 试验方法 |
| 5.3.1 菌株培养 |
| 5.3.2 菌株基因组提取、质量检测、文库构建和测序 |
| 5.3.3 生物信息学分析 |
| 5.4 结果分析 |
| 5.4.1 菌株SL001 基因组提取和质量评估 |
| 5.4.2 测序数据质控 |
| 5.4.3 Nanopore基因组组装 |
| 5.4.4 基因组注释 |
| 5.4.5 基因功能注释 |
| 5.4.6 限制修饰系统分析 |
| 5.4.7 基因组圈图 |
| 5.4.8 比较基因组分析 |
| 5.4.9 次级代谢产物基因簇分析 |
| 5.5 小结与讨论 |
| 第六章 结论 |
| 参考文献 |
| 缩略词表 |
| 攻读硕士学位期间撰写和发表的论文 |
| 本论文感谢以下基金项目资助 |
| 致谢 |
（4）发酵优化枯草芽孢杆菌HAINUP40及对罗非鱼应用效果分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 综述 |
| 1 枯草芽孢杆菌研究进展 |
| 1.1 枯草芽孢杆菌的概述 |
| 1.2 枯草芽孢杆菌的益生作用机理 |
| 1.3 枯草芽孢杆菌在水产养殖业中的研究与应用现状 |
| 1.3.1 枯草芽孢杆菌在调整水产动物肠道菌群上的研究与应用 |
| 1.3.2 枯草芽孢杆菌作为免疫增强剂方面的研究与应用 |
| 1.3.3 枯草芽孢杆菌在促进水产动物对营养物质消化吸收方面的研究与作用 |
| 1.3.4 枯草芽孢杆菌在促进水产动物生长方面的研究与应用 |
| 1.3.5 枯草芽孢杆菌在饲料工业上的研究与应用 |
| 1.3.6 枯草芽孢杆菌在水产养殖水质调控方面的研究与应用 |
| 2 枯草芽孢杆菌发酵条件研究进展 |
| 2.1 培养基组分对发酵的影响 |
| 2.1.1 碳源对发酵的影响 |
| 2.1.2 氮源对发酵的影响 |
| 2.1.3 无机盐对发酵的影响 |
| 2.2 发酵条件对发酵的影响 |
| 2.2.1 发酵温度 |
| 2.2.2 初始PH |
| 2.2.3 摇床转速 |
| 2.2.4 接种量 |
| 2.3 微生物发酵统计学优化方法 |
| 2.3.1 单因素法 |
| 2.3.2 正交法 |
| 2.3.3 响应面法 |
| 3 水产动物无乳链球菌疾病研究概况 |
| 3.1 罗非鱼感染无乳链球菌疾病概况 |
| 3.2 益生菌在罗非鱼无乳链球菌疾病方面的研究概况 |
| 4 本研究的目的及意义 |
| 5 本研究技术路线 |
| 第二章 枯草芽孢杆菌HAINUP40响应面法发酵及简易发酵工艺的研究 |
| 1 实验材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 主要实验仪器 |
| 1.3 实验试剂 |
| 1.3.1 响应面实验试剂 |
| 1.3.2 简易发酵实验试剂 |
| 2 实验方法 |
| 1.2 培养方法 |
| 1.2.1 枯草芽孢杆菌HAINUP40的培养 |
| 1.2.2 无乳链球菌的培养 |
| 1.2.3 枯草芽孢杆菌HAINUP40胞外蛋白酶活性的测定 |
| 1.2.4 枯草芽孢杆菌HAINUP40胞外产物对无乳链球菌拮抗活性的测1.2.5 枯草芽孢杆菌HAINUP40菌落的测定 |
| 1.2.5 枯草芽孢杆菌HAINUP40菌落的测定 |
| 1.3 单因素的筛选 |
| 1.3.1 培养基的优化 |
| 1.3.2 培养条件的优化 |
| 1.4 响应面实验方法 |
| 1.6 简易发酵方法 |
| 1.7 数据统计分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 发酵培养基各成分种类对枯草芽孢杆菌HAINUP40菌株繁殖及发酵产物的影响 |
| 3.1.1 碳源对枯草芽孢杆菌HAINUP40菌株繁殖及发酵产物的影响 |
| 3.1.2 氮源组份对枯草芽孢杆菌HAINUP40菌株繁殖及发酵产物的影响 |
| 3.1.3 无机盐组份对枯草芽孢杆菌HAINUP40菌株繁殖及发酵产物的影响 |
| 3.2 发酵培养基各成分浓度对枯草芽孢杆菌HAINUP40菌株繁殖及发酵产物的影响 |
| 3.2.1 糖蜜浓度对枯草芽孢杆菌HAINUP40菌株繁殖及发酵产物的影响 |
| 3.2.2 胰蛋白胨浓度对枯草芽孢杆菌HAINUP40菌株及发酵产物的影响 |
| 3.2.3 氯化钾浓度对枯草芽孢杆菌HAINUP40菌株繁殖及发酵产物的影响 |
| 3.3 发酵条件对枯草芽孢杆菌HAINUP40菌株繁殖及发酵产物的影响 |
| 3.3.1 初始pH对枯草芽孢杆菌HAINUP40菌株繁殖及发酵产物的影响 |
| 3.3.2 接种量对枯草芽孢杆菌HAINUP40菌株繁殖及发酵产物的影响 |
| 3.3.3 摇床转速对枯草芽孢杆菌HAINUP40菌株繁殖及发酵产物的影响 |
| 3.3.4 装液量对枯草芽孢杆菌HAINUP40菌株繁殖及发酵产物的影响 |
| 3.3.5 温度对枯草芽孢杆菌HAINUP40菌株繁殖及发酵产物的影响 |
| 3.4 响应曲面分析 |
| 3.4.1 枯草芽孢杆菌HAINUP40产无乳链球菌拮抗物质能力大小的响应面分析结果 |
| 3.4.2 枯草芽孢杆菌HAINUP40产蛋白酶能力大小的响应面分析结果 |
| 3.4.3 枯草芽孢杆菌HAINUP40菌落繁殖能力大小的响应面分析结果 |
| 3.5 简易发酵结果与分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 利用响应面法对优化枯草芽孢杆菌HAINUP40发酵条件所得产物的影响 |
| 4.2 简易发酵对枯草芽孢杆菌发酵产物的影响 |
| 第三章 饲喂罗非鱼HAINUP40最适浓度及状态的初探 |
| 1 实验材料与方法 |
| 1.1 实验试剂耗材 |
| 1.1.1 实验材料 |
| 1.1.2 实验器材 |
| 1.1.3 实验试剂 |
| 1.2 试验方法 |
| 1.2.1 实验用罗非鱼 |
| 1.2.2 枯草芽孢杆菌的培养 |
| 1.2.4 实验设计 |
| 1.2.4 罗非鱼样品采集 |
| 1.2.5 罗非鱼生长指标的测定 |
| 1.2.6 罗非鱼血清免疫指标的测定 |
| 1.2.7 无乳链球菌的培养 |
| 1.2.8 无乳链球菌攻毒 |
| 1.3 数据处理 |
| 2 结果及分析 |
| 2.1 枯草芽孢杆菌HAINUP40对罗非鱼生长性能的影响 |
| 2.1.1 不同水平枯草芽孢杆菌HAINUP40对罗非鱼体重增长率的影响 |
| 2.1.2 不同水平枯草芽孢杆菌HAINUP40对罗非鱼特定生长率的影响 |
| 2.2 不同水平枯草芽孢杆菌HAINUP40对罗非鱼免疫器官的影响 |
| 2.2.1 不同水平枯草芽孢杆菌HAINUP40对罗非鱼肝体指数的影响 |
| 2.2.2 不同水平枯草芽孢杆菌HAINUP40对罗非鱼脾体指数的的影响 |
| 2.3 不同水平枯草芽孢杆菌HAINUP40对罗非鱼血清免疫指标的影响 |
| 2.3.1 血清中溶菌酶LZM指标的测定结果 |
| 2.3.2 血清中总抗氧化T-AOC指标的测定结果 |
| 2.3.3 血清中总蛋白浓度(TP)指标的测定结果 |
| 2.3.4 血清中超氧化物歧化酶(SOD)指标的测定结果 |
| 2.3.5 血清中酸性磷酸酶(ACP)指标的测定结果 |
| 2.3.6 血清中碱性磷酸酶(AKP)指标的测定结果 |
| 2.4 无乳链球菌感染罗非鱼实验结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 不同投喂水平枯草芽孢杆菌HAINUP40对罗非鱼生长性能的影响 |
| 3.2 不同投喂水平枯草芽孢杆菌HAINUP40对罗非鱼免疫器官的影响 |
| 3.3 不同投喂水平枯草芽炮杆菌HAINUP40对罗非鱼血清免疫指标的影响 |
| 3.3.1 不同投喂水平枯草芽孢杆菌HAINUP40对罗非鱼血清溶菌酶LZM活性的影响 |
| 3.3.2 不同投喂水平枯草芽孢杆菌HAINUP40对罗非鱼血清总蛋白(TP)浓度的影响 |
| 3.3.3 不同投喂水平枯草芽孢杆菌HAINUP40对罗非鱼血清SOD和T-AOC的影响 |
| 3.3.4 不同投喂水平枯草芽孢杆菌HAINUP40对罗非鱼血清ACP和AKP的影响 |
| 3.4 不同投喂水平枯草芽孢杆菌HAINUP40对无乳链球菌拮抗能力的影响 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（5）日本沼虾免疫应答相关基因的筛选与鉴定（论文提纲范文）
| 英文缩略词 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 日本沼虾及养殖现状 |
| 1.2 水产养殖中常见环境胁迫因子的来源与危害 |
| 1.2.1 氨氮的来源和危害 |
| 1.2.1.1 养殖水体中氨氮的来源 |
| 1.2.1.2 氨氮对水生动物的危害 |
| 1.2.2 亚硝酸盐的来源和危害 |
| 1.2.2.1 水产养殖水体中亚硝酸盐的来源 |
| 1.2.2.2 亚硝酸盐对水生动物的危害 |
| 1.2.3 其他环境因子的来源与危害 |
| 1.3 环境因子对甲壳动物免疫系统的影响 |
| 1.3.1 氨氮胁迫对甲壳动物免疫系统的影响 |
| 1.3.2 亚硝酸盐胁迫对甲壳动物免疫系统的影响 |
| 1.3.3 其他环境因子胁迫对甲壳动物免疫系统的影响 |
| 1.4 常见体液免疫因子 |
| 1.4.1 酚氧化酶 |
| 1.4.2 超氧化物歧化酶 |
| 1.4.3 总抗氧化能力(T-AOC) |
| 1.5 转录组 |
| 1.5.1 转录组学与基因组学概述 |
| 1.5.2 转录组技术在水产动物上的应用 |
| 1.6 研究的目的与意义 |
| 2 材料方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 样品采集 |
| 2.1.2 主要仪器设备 |
| 2.1.3 试验耗材 |
| 2.1.4 主要试剂 |
| 2.1.5 常用试剂配制 |
| 2.1.6 主要数据库及生物软件 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 免疫指标测定方法 |
| 2.2.1.1 总蛋白定量实验BCA法 |
| 2.2.1.2 SOD测定 |
| 2.2.1.3 T-AOC测定 |
| 2.2.1.4 PO测定 |
| 2.2.2 总RNA的提取与检测 |
| 2.2.3 转录组测序 |
| 2.2.3.1 转录组建库测序流程 |
| 2.2.3.2 转录组文库构建 |
| 2.2.3.3 转录组文库上机测序 |
| 2.2.4 转录组生物信息分析流程 |
| 2.2.4.1 测序数据控制及质控 |
| 2.2.4.2 转录组测序数据组装 |
| 2.2.4.3 转录组基因功能注释和表达水平分析 |
| 2.2.5 差异表达mRNAs的qRT-PCR验证 |
| 2.2.5.1 反转录合成cDNA |
| 2.2.5.2 差异表达基因引物合成 |
| 2.2.5.3 差异表达基因的qRT-PCR |
| 2.2.5.4 荧光定量PCR数据统计与分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 亚硝酸盐胁迫对日本沼虾免疫指标的影响 |
| 3.1.1 亚硝酸盐胁迫对日本沼虾SOD活性的影响 |
| 3.1.2 亚硝酸盐胁迫对日本沼虾总抗氧化能力的影响 |
| 3.1.3 亚硝酸盐胁迫对日本沼虾PO活性的影响 |
| 3.2 氨氮胁迫对日本沼虾免疫指标的影响 |
| 3.2.1 氨氮胁迫对日本沼虾SOD活性的影响 |
| 3.2.2 氨氮胁迫对日本沼虾总抗氧化能力的影响 |
| 3.2.3 氨氮胁迫对日本沼虾PO活性的影响 |
| 3.3 亚硝酸盐转录组测序结果 |
| 3.3.1 RNA质量检测 |
| 3.3.2 原始测序质检情况与测序结果 |
| 3.3.3 Trinity拼接结果 |
| 3.3.4 基因功能注释 |
| 3.3.5 GO分类结果 |
| 3.3.6 KOG分类结果 |
| 3.3.7 KEGG分类结果 |
| 3.3.8 SSR分析 |
| 3.3.9 差异表达基因分析 |
| 3.3.9.1 差异表达基因聚类分析 |
| 3.3.9.2 差异基因GO和KEGG通路富集分析 |
| 3.3.10 差异表达mRNAs qRT-PCR验证 |
| 3.4 亚硝酸盐胁迫下免疫应答相关差异表达基因的筛选与分析 |
| 3.4.1 免疫应答相关差异表达基因的筛选 |
| 3.4.2 免疫应答相关差异表达基因的聚类分析 |
| 3.4.3 免疫应答相关差异表达基因的KEGG分析 |
| 3.4.4 免疫应答相关通路和差异表达基因的验证 |
| 3.5 氨氮转录组测序结果 |
| 3.5.1 RNA质量检测 |
| 3.5.2 转录组序列测定与组装 |
| 3.5.3 生物学重复样品间相关性检查 |
| 3.5.4 基因功能注释 |
| 3.5.5 GO分类结果 |
| 3.5.6 SNP和Indel分析 |
| 3.5.7 SSR分析 |
| 3.5.8 基因表达水平分析 |
| 3.5.9 差异基因分析 |
| 3.5.9.1 基因差异表达分析 |
| 3.5.9.2 差异基因聚类分析 |
| 3.5.9.3 差异基因GO富集分析 |
| 3.5.9.4 差异基因KEGG通路富集分析 |
| 3.5.10 差异表达基因的qRT-PCR验证 |
| 3.6 氨氮胁迫下免疫应答相关差异表达基因筛选与分析 |
| 3.6.1 氮胁迫下免疫应答相关差异表达基因的筛选 |
| 3.6.2 氮胁迫下免疫应答相关差异表达基因的聚类分析 |
| 3.6.3 氮胁迫下免疫应答相关差异表达基因的KEGG分析 |
| 3.6.4 免疫应答相关通路和基因的研究 |
| 4 讨论 |
| 4.1 氨氮和亚硝酸盐对免疫指标的影响 |
| 4.2 氨氮胁迫对免疫应答相关基因与通路影响 |
| 4.3 亚硝酸盐胁迫对免疫应答相关基因与通路影响 |
| 5 结论 |
| 6 参考文献 |
| 7 致谢 |
| 8 攻读学位期间发表论文情况 |
（6）黑斑蛙“歪头病”病原菌的分离鉴定及全基因组测序分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1 黑斑蛙及其常见疾病 |
| 1.1 黑斑蛙简介及养殖概况 |
| 1.2 黑斑蛙常见感染性致病原 |
| 2 米尔伊丽莎白菌研究概况 |
| 3 微生物基因组学概述 |
| 3.1 基因组学概述 |
| 3.2 微生物基因组学发展现状 |
| 3.3 微生物比较基因组学 |
| 第二章 研究目的、意义和创新点 |
| 1 研究目的 |
| 2 研究意义 |
| 3 研究创新点 |
| 第三章 病原的分离鉴定及其部分生物学特性研究 |
| 1 试验材料 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要仪器 |
| 2 试验方法 |
| 2.1 发病区调查及病样采集 |
| 2.2 大体观察及病理剖解 |
| 2.3 病毒性病原检测 |
| 2.4 细菌性病原分离鉴定 |
| 2.5 回归试验 |
| 2.6 组织病理学观察 |
| 2.7 病原形态观察 |
| 2.8 病原菌生长曲线测定 |
| 2.9 药物敏感性试验 |
| 3 试验结果 |
| 3.1 发病区调查 |
| 3.2 大体观察及病理剖解 |
| 3.3 病毒性病原检测 |
| 3.4 细菌性病原分离鉴定 |
| 3.5 回归试验 |
| 3.6 组织病理学观察 |
| 3.7 病原形态观察 |
| 3.8 细菌生长曲线测定 |
| 3.9 药物敏感性试验 |
| 4 讨论 |
| 4.1 两种传统手段为何不能有效区别鉴定 |
| 4.2 该病为何难以根治 |
| 4.3 发病病理过程的推测 |
| 4.4 防治建议 |
| 第四章 米尔伊丽莎白菌全基因组测序及分析 |
| 1 试验材料 |
| 1.1 试验菌株 |
| 1.2 主要试剂和仪器 |
| 2 试验方法 |
| 2.1 测序菌株全基因组DNA的准备 |
| 2.2 HiSeq平台建库及库检 |
| 2.3 菌株测序和原始数据处理 |
| 2.4 序列组装和数据上传 |
| 2.5 全基因组组分分析 |
| 2.6 编码序列基因功能分析 |
| 3 试验结果 |
| 3.1 数据概况 |
| 3.2 基因组概况 |
| 3.3 基因组组分分析 |
| 3.4 编码基因功能分析 |
| 4 小结 |
| 5 讨论 |
| 5.1 基因组学分析证明测序菌株为米尔伊丽莎白菌 |
| 5.2 潜在抗菌素开发价值——羊毛硫肽化合物(Lanthipeptides) |
| 5.3 部分具潜在开发价值的病原基因 |
| 第五章 结论与展望 |
| 1 结论 |
| 2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（7）昆虫蛋白粉替代鱼粉配合几丁质酶在罗非鱼上的应用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略词 |
| 1 前言 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.2 昆虫蛋白粉 |
| 1.2.1 昆虫的营养成分 |
| 1.2.2 昆虫的饲养条件及意义 |
| 1.3 几丁质 |
| 1.3.1 几丁质的结构 |
| 1.3.2 几丁质的应用 |
| 1.4 几丁质酶 |
| 1.4.1 几丁质酶的分类 |
| 1.5 罗非鱼 |
| 1.5.1 罗非鱼的生理性状 |
| 1.5.2 罗非鱼的养殖情况 |
| 1.6 本研究的目的与意义 |
| 1.6.1 本研究的内容和目的 |
| 1.6.2 本研究的意义和应用价值 |
| 2 几丁质酶Chi92体外酶解昆虫蛋白粉的试验 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试剂及仪器 |
| 2.1.2 酶解方法 |
| 2.2 结果 |
| 2.3 讨论 |
| 3 昆虫蛋白粉替代鱼粉对在罗非鱼饲料中的应用研究 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 试验设计及试验饲料 |
| 3.1.3 试验动物、试验地点以及养殖管理 |
| 3.1.4 采样和分析 |
| 3.1.5 酶活指标检测内容和方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 昆虫蛋白粉替代鱼粉对罗非鱼生长性能、饲料利用的影响 |
| 3.2.2 昆虫蛋白粉替代鱼粉对罗非鱼体成分的影响 |
| 3.2.3 昆虫蛋白粉替代鱼粉对罗非鱼表观消化率的影响 |
| 3.2.4 昆虫蛋白粉替代鱼粉对尼罗罗非鱼肠道免疫和抗氧化能力的影响 |
| 3.2.5 昆虫蛋白粉替代鱼粉对罗非鱼血清指标的影响 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 昆虫蛋白粉替代鱼粉对罗非鱼生长性能的影响 |
| 3.3.2 昆虫蛋白粉替代鱼粉对罗非鱼体成分的影响 |
| 3.3.3 昆虫蛋白粉替代鱼粉对罗非鱼表观消化率的影响 |
| 3.3.4 昆虫蛋白粉替代鱼粉对罗非鱼肠道的免疫及抗氧化性能的影响 |
| 3.3.5 昆虫蛋白粉替代鱼粉对罗非鱼血清指标的影响 |
| 4 总结 |
| 4.1 论文小结 |
| 4.2 论文不足之处与展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
（8）大黄鱼和黄姑鱼基因组选择研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.1 选择育种方法及其优缺点介绍 |
| 1.1.1 个体选择 |
| 1.1.2 家系选择 |
| 1.1.3 BLUP方法 |
| 1.1.4 标记辅助选择 |
| 1.1.5 GWAS研究进展 |
| 1.2 基因组选择简介 |
| 1.2.1 基因组选择原理 |
| 1.2.2 基因组选择的优势 |
| 1.2.3 基因组选择研究进展 |
| 1.3 基因组预测模型 |
| 1.3.1 表型值的解释 |
| 1.3.2 基因组预测方法 |
| 1.3.3 预测能力 |
| 1.4 简化基因组测序 |
| 1.5 遗传参数估计 |
| 1.6 本研究的目的和意义 |
| 第2章 基因组选择算法研究 |
| 2.1 MixP的两种计算策略 |
| 2.1.1 FMixP的推导 |
| 2.1.2 MMixP的推导 |
| 2.2 FBayesC算法设计 |
| 2.2.1 FBayesC的推导 |
| 2.2.2 FBayesB推导结果 |
| 第3章 大黄鱼基因组育种研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验样本选取 |
| 3.1.2 表型性状 |
| 3.1.3 DNA提取 |
| 3.1.4 GSB建库与SNP分型 |
| 3.1.5 遗传参数估计 |
| 3.1.6 基因组预测 |
| 3.1.7 GWAS方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 性状遗传参数 |
| 3.2.2 基因组预测 |
| 3.2.3 GWAS结果 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 性状选取 |
| 3.3.2 遗传参数及育种策略 |
| 3.3.3 基因组预测结果比较 |
| 3.3.4 GWAS结果比较与基因挖掘 |
| 第4章 基因组育种成本节省策略 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 EP-GS方法 |
| 4.1.2 EP-GWAS方法 |
| 4.1.3 PS-GS方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 EP-GS结果 |
| 4.2.2 理想的参考群大小 |
| 4.2.3 EP-GWAS结果 |
| 4.2.4 PS-GS结果 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 EP-GS和PS-GS |
| 4.3.2 成本核算 |
| 4.3.3 实际操作方式 |
| 第5章 黄姑鱼基因组选择初步研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 试验群体与表型数据 |
| 5.1.2 基因组SNP数据挖掘 |
| 5.1.3 基因组预测 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 遗传参数估计 |
| 5.2.2 基因组预测结果 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 参考群体采样时期 |
| 5.3.2 参考群体构建方式 |
| 第6章 总结、创新点及展望 |
| 6.1 总结 |
| 6.2 创新点 |
| 6.3 展望 |
| 6.3.1 适合进行GS的性状 |
| 6.3.2 GS育种的应用前景 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 在校期间发表的论文 |
（9）两种茴鱼和魁蚶的系统发育及分类地位研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 分子系统学研究 |
| 1.1.1 分子系统学的定义 |
| 1.1.2 分子系统学的分类 |
| 1.1.3 分子系统学的研究步骤 |
| 1.2 线粒体基因组概述 |
| 1.2.1 线粒体的生物学特性 |
| 1.2.2 线粒体基因组结构特点 |
| 1.2.3 鱼类线粒体基因组组成和特点 |
| 1.2.4 线粒体基因组在海洋动物系统进化研究中的应用 |
| 1.3 两种茴鱼概况 |
| 1.3.1 新疆北极茴鱼概况 |
| 1.3.2 蒙古茴鱼概况 |
| 1.3.3 茴鱼属鱼类研究现状 |
| 1.4 魁蚶概况 |
| 1.4.1 分类地位和分布 |
| 1.4.2 形态特征 |
| 1.4.3 生物学特性 |
| 1.4.4 魁蚶分类遗传学研究现状 |
| 1.5 立题背景与意义 |
| 第二章 两种茴鱼线粒体全基因组序列分析及系统发育研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.2.1 样品采集 |
| 2.2.2 实验主要试剂 |
| 2.2.3 实验主要设备 |
| 2.2.4 常用溶液配制 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 基因组DNA的提取 |
| 2.3.2 总DNA的检测 |
| 2.3.3 PCR扩增及测序 |
| 2.3.4 序列拼接和提交 |
| 2.3.5 线粒体DNA组成分析 |
| 2.3.6 系统进化树的构建 |
| 2.4 结果与讨论 |
| 2.4.1 两种茴鱼线粒体基因组基本组成 |
| 2.4.2 两种茴鱼线粒体基因顺序 |
| 2.4.3 两种茴鱼线粒体基因重叠和基因间隔序列 |
| 2.4.4 碱基组成 |
| 2.4.5 蛋白质编码基因与密码子使用 |
| 2.4.6 rRNA基因特点 |
| 2.4.7 tRNA基因特点 |
| 2.4.8 非编码区特点 |
| 2.4.9 线粒体DNA突变 |
| 2.4.10 遗传距离 |
| 2.4.11 茴鱼属系统发育分析 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 鲑科鱼类分子系统进化研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验材料 |
| 3.2.1 线粒体全基因组数据的获得 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 基因组序列分析 |
| 3.3.2 不同基因在鲑科系统进化分析中的适用性 |
| 3.3.3 系统发育分析 |
| 3.4 结果与讨论 |
| 3.4.1 线粒体基因组的基本特征 |
| 3.4.2 碱基组成及变异 |
| 3.4.3 遗传距离 |
| 3.4.4 鲑科mtDNA的不同基因在系统进化分析中的适用性 |
| 3.4.5 鲑科鱼类系统发育分析 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 魁蚶中国群体的分类学地位研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验材料 |
| 4.2.1 样品采集 |
| 4.2.2 实验主要试剂 |
| 4.2.3 实验主要仪器 |
| 4.2.4 常用溶液配制 |
| 4.3 实验方法 |
| 4.3.1 基因组DNA的提取 |
| 4.3.2 PCR扩增及测序 |
| 4.4 结果与讨论 |
| 4.4.1 魁蚶中国群体线粒体基因序列特征 |
| 4.4.2 蚶科27种贝类基因序列特征 |
| 4.4.3 遗传分化 |
| 4.4.4 系统发育分析 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 双壳贝类分子系统进化研究 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 实验材料 |
| 5.2.1 样品采集 |
| 5.2.2 数据获得 |
| 5.3 实验方法 |
| 5.3.1 基因组DNA的提取 |
| 5.3.2 PCR扩增及测序 |
| 5.4 结果与讨论 |
| 5.4.1 双壳贝类线粒体基因序列分析 |
| 5.4.2 遗传距离 |
| 5.4.3 双壳贝类系统发育分析 |
| 5.5 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 |
| 致谢 |
（10）海洋动物抗菌肽Scygonadin-Hepcidin融合基因在藻类和拟南芥中的高效表达及其抗菌功能的研究（论文提纲范文）
| 缩略词中英文对照表 |
| 摘要 |
| Absract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 海洋动物抗菌肽研究进展 |
| 1.1.1 已发现的海洋动物抗菌肽 |
| 1.1.2 抗菌肽抗菌作用机制 |
| 1.1.3 抗菌肽与抗生素协同作用 |
| 1.1.4 抗菌肽的免疫调节活性 |
| 1.1.5 抗菌肽主要应用前景 |
| 1.1 6 大黄鱼抗菌肽Hepcidin |
| 1.1.7 拟穴青蟹抗菌肽Scygonadin |
| 1.1.8 Scygonadin-Hepcidin融合基因抗菌活性研究 |
| 1.2. 微藻基因工程研究进展 |
| 1.2.1 微藻概述 |
| 1.2.2 微藻-生物反应器研究 |
| 1.2.3 藻类基因工程表达载体 |
| 1.2.4 微藻转基因技术 |
| 1.2.5 微藻基因工程应用前景 |
| 1.3 小球藻研究概述 |
| 1.3.1 小球藻概述 |
| 1.3.2 小球藻的应用研究进展 |
| 1.4. 江蓠研究概述 |
| 1.4.1 江蓠概述 |
| 1.4.2 江蓠的应用研究进展 |
| 1.5 海水养殖水产品的主要病害及防治措施 |
| 1.5.1 海水养殖鱼类的主要病害及防止措施 |
| 1.5.2 鲍鱼的主要病害及防止措施 |
| 1.6 转基因食品的安全性评价 |
| 1.6.1 转基因食品的定义 |
| 1.6.2 转基因食品的优势 |
| 1.6.3 转基因食品的安全性评价 |
| 1.7 本研究的技术路线、目的和意义 |
| 1.7.1 技术路线 |
| 1.7.2 研究目的和意义 |
| 第2章 抗菌肽Scy-hepc融合基因在小球藻中稳定表达的研究 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.3.1 抗菌肽Sqy-hepc融合基因植物表达载体的构建 |
| 2.3.2 小球藻对潮霉素抗生素的灵敏度实验 |
| 2.3.3 转基因小球藻的抗性筛选实验结果 |
| 2.3.4 抗性小球藻转化子的PCR鉴定结果 |
| 2.3.5 PCR阳性小球藻转化子GFP荧光检测 |
| 2.3.6 转基因小球藻产抗菌肽Scy-hepc融合蛋白SDS-page分析 |
| 2.3.7 转基因小球藻产抗菌肽Scy-hepc融合蛋白Western blotting分析结果 |
| 2.3.8 转基因小球藻产抗菌肽Scy-hepc融合蛋白抑菌圈实验结果 |
| 2.3.9 转基因小球藻传代中抗菌肽Scy-hepc融合基因的表达稳定性分析结果 |
| 2.4 讨论 |
| 第3章 抗菌肽Scy-hepc融合基因在细基江蓠繁枝变种中的表达研究 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.2 方法 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 细基江蓠繁枝变种对潮霉素的灵敏性实验 |
| 3.3.2 细基江蓠繁枝变种原生质体提取条件的优化 |
| 3.3.3 电转化法Scy-hepc融合基因在原生质体的瞬时表达 |
| 3.3.4 瞬时表达Scy-hepc融合蛋白的SDS-PAGE及Western blotting分析 |
| 3.3.5 茉莉酸甲酯对细基江蓠繁枝变种外植体生长的影响 |
| 3.3.6 细基江蓠繁枝变种类愈伤组织的诱导结果 |
| 3.3.7 农杆菌EHA105介导的Scy-hepc融合基因转化类愈伤组织 |
| 3.3.8 转基因类愈伤组织的再生分化 |
| 3.4 讨论 |
| 第4章 抗菌肽Scy-hepc融合基因在拟南芥中的表达研究 |
| 4.1 材料 |
| 4.2 方法 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.3.1 农杆菌GV3101重组子的PCR鉴定结果 |
| 4.3.2 拟南芥F1代阳性转化子的筛选结果 |
| 4.3.3 F1代转基因拟南芥抗性幼苗GFP绿色荧光观察结果 |
| 4.3.4 F1代转基因拟南芥的PCR鉴定 |
| 4.3.5 F1代转基因植株叶片中抗菌肽Scy-hepc融合蛋白的表达检测 |
| 4.3.6 F2代转基因植株的抗性筛选结果 |
| 4.3.7 F2代转基因植株叶片基因组中Scy-hepc融合基因的PCR检测结果 |
| 4.3.8 3号F2代转基因植株叶片总蛋白的抑菌圈实验结果 |
| 4.3.9 转抗菌肽Scy-hepc融合基因拟南芥抗禾谷镰孢菌感染的实验结果 |
| 4.4 讨论 |
| 第5章 喂食转抗菌肽Scy-hepc融合基因小球藻的鱼类抗细菌感染能力的研究 |
| 5.1 实验材料 |
| 5.2 实验方法 |
| 5.3 实验结果 |
| 5.3.1 黑鲷感染嗜水气单胞菌半致死的菌悬液浓度确定 |
| 5.3.2 黑鲷感染嗜水气单胞菌的主要症状 |
| 5.3.3 黑鲷喂饲转基因小球藻72h后感染嗜水气单胞菌的实验结果 |
| 5.3.4 黑鲷灌胃转基因小球藻72h后主要免疫指标的检测 |
| 5.3.5 黑鲷灌胃转基因小球藻72h后肠道形态观察 |
| 5.3.6 嗜水气单胞菌侵染珍珠龙胆石斑鱼的致死实验研究结果 |
| 5.3.7 珍珠龙胆石斑鱼感染嗜水气单胞菌的主要症状 |
| 5.3.8 珍珠龙胆石斑鱼喂食转基因小球藻72h后感染嗜水气单胞菌的实验结果 |
| 5.3.9 珍珠龙胆石斑鱼灌胃转基因小球藻72h后主要免疫指标的检测 |
| 5.4 讨论 |
| 结语 |
| 参考文献 |
| 在学期间参加的科研项目及成果 |
| 致谢 |
四、水产养殖动物基因组研究的现状及其应用前景（论文参考文献）
- [1]四川华鳊早期发育及温度影响研究[D]. 王亚利. 西南大学, 2021(01)
- [2]翘嘴鳜高密度遗传图谱的构建、经济性状QTL定位及其相关分子标记的挖掘[D]. 李泽. 苏州大学, 2020(02)
- [3]一株新型戊糖片球菌的筛选及其对鱼类抗病性的影响[D]. 龚亮. 湖南师范大学, 2019(12)
- [4]发酵优化枯草芽孢杆菌HAINUP40及对罗非鱼应用效果分析[D]. 陈鑫. 海南大学, 2019
- [5]日本沼虾免疫应答相关基因的筛选与鉴定[D]. 于杰伦. 山东农业大学, 2019(01)
- [6]黑斑蛙“歪头病”病原菌的分离鉴定及全基因组测序分析[D]. 秦振阳. 四川农业大学, 2018(02)
- [7]昆虫蛋白粉替代鱼粉配合几丁质酶在罗非鱼上的应用研究[D]. 杨炳辉. 华南农业大学, 2018(08)
- [8]大黄鱼和黄姑鱼基因组选择研究[D]. 董林松. 集美大学, 2018(12)
- [9]两种茴鱼和魁蚶的系统发育及分类地位研究[D]. 李瑶瑶. 烟台大学, 2018(12)
- [10]海洋动物抗菌肽Scygonadin-Hepcidin融合基因在藻类和拟南芥中的高效表达及其抗菌功能的研究[D]. 何艺宾. 厦门大学, 2018(08)