一、人疱疹病毒6型感染与白血病关系的初步研究（论文文献综述）
陈露,涂美娟,卞晓磊,毕珊珊,常婷,朱小玉[1]（2021）在《脐血干细胞移植术后并发HHV-6B病毒性脑脊髓炎病人的护理》文中提出总结7例脐血干细胞移植术后并发人疱疹病毒6型（HHV-6）病毒感染病人的护理经验,指出护理要点包括脐血干细胞回输的护理、病情监测与护理、感染预防、用药护理及心理护理等,经过精心治疗、护理,7例病人病毒检测转阴,症状明显好转,均顺利出院。
张益萌[2]（2021）在《宏基因二代测序技术在某三甲医院PICU对感染性疾病患儿的应用》文中提出目的:比较二代基因测序技术（Metagenomic next generation sequencing,m NGS）与传统检测病原体方法的区别,讨论在儿童感染性疾病中m NGS的应用。方法:选取2019年6月1日至2020年12月31日在乌鲁木齐市某三甲医院PICU住院治疗期间出现不明原因发热的患儿75例,分别对疑似感染部位取样并进行病原体的传统检测和送检m NGS检测病原体,然后对2种检测方法的诊断效果进行总结并分析。最后根据两种检测方法的结果筛选出感染组58例（任意检测结果为阳性就划分为感染组）,收集感染组58例患者的基本临床信息,再依据m NGS是否检出病原体将58例样本分为检出组（47例）和未检出组（11例）,测定外周血及炎症指标。分析患儿在感染性疾病中检出病原体与严重程度等相关性的分析。结果:（1）纳入的75例样本中,m NGS的灵敏度显着高于培养法（x2=19.053,P<0.01）。m NGS的特异度与培养法差异无统计学意义（x2=4.167,P=0.041）。未检出组要高出检出组的住院天数（t=4.227,P<0.05）。样本中58例（77.33%）为感染组,其余的17例（22.67%）为非感染组。感染组样本中,肺泡灌洗液占比最多（27/58）,其次为血液（20/58）,最后是脑脊液（11/58）。单因素分析得出初步结论认为检出组中患儿外周血计数及炎症指标显着高出未检出组的指标（t值分别为-8.84、-4.724、-4.335、-4.335,P值均<0.05）。（2）m NGS的阳性检出率对儿童人类疱疹病毒的检出率要高于血液抗体检测（P<0.05）。（3）本院数据资料中,检测出前三位的病原体分别是人类疱疹病毒（18.75%）最高,检出率第二位的病原体是肺炎支原体（15.63%）,第三位病原体是流感嗜血杆菌（12.50%）。在2例患有基础病并且病情较为严重的患儿身上检测出合并真菌感染,在1例反复发作的肺脓肿患儿病例肺泡灌洗液中检出厌氧菌感染,同时也检出结核分枝杆菌复合群在怀疑结核性脑病病例的脑脊液中。（4）数据病例资料中,肺泡灌洗液最常见的阳性检出病原体是肺炎支原体（7例）及肺炎链球菌（4例）人类疱疹病毒是脑脊液和全血标本中最常见的病原体（分别为5例和6例）。（5）诊断细菌、病毒、非典型病原体,混合感染的时候m NGS阳性检出率明显大于传统检测方法的诊出率。但是对于真菌感染检测中,m NGS的阳性率虽然高于传统方法,但差异不明显。（6）革兰阴性菌在细菌感染中多见,病原体以流感嗜血杆菌、铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯杆菌、鲍曼不动杆菌为主。病毒感染的主要病原体为人类疱疹病毒,最常见的分别为人疱疹病毒1型（单纯疱疹病毒1型）、4型（EB病毒）和5型（巨细胞病毒）。真菌感染以肺孢子虫多见。结论:（1）m NGS对于感染性疾病的诊断阳性检出率总体优于传统方法,在病毒、非典型病原体及混合感染的诊断中更显着。并且因传统检测方法较为局限,m NGS可以为某些病原体不明感染或临床疑似病例提供诊断依据,虽然诊断感染性疾病的金标准还是传统检测,m NGS还无法完全取代,但可辅助于实验室检查作为病原学检测的有效补充,联合使用可提高感染性疾病病原体的检出率,以达到快速治疗,精准用药的目的。（2）对于人类疱疹病毒等儿科中不典型病原体和混合感染,m NGS技术提高了对它们的检出率。
代莉,桂丹妮,李珍,王秋萍,赵芳[3]（2020）在《母亲与新生儿人疱疹病毒感染研究》文中研究指明目的探究孕妇与新生儿单纯疱疹病毒1型（Herpessimplexvirustype 1,HSV-1）、人巨细胞病毒（Human cytomegalovirus,HCMV）以及EB病毒（Epstein-Barr virus,EBV）等人疱疹病毒感染情况和母婴病毒垂直传播情况。方法选取2018年4月-2019年6月于华中科技大学同济医学院附属武汉儿童医院进行分娩的118例单胎妊娠孕妇及对应的118例新生儿为研究对象,使用巢式PCR法检测孕妇及新生儿HSV-1、HCMV、EBV感染情况;使用酶联免疫吸附试验检测新生儿IgM和IgG阳性表达情况。结果 118例孕妇中HSV-1感染率最高为27.12%（32例）、HCMV感染率为11.86%（14例）、EBV感染率为13.56%（16例）; 118例新生儿中EBV感染率最高为20.34%（24例）;新生儿人疱疹病毒IgG阳性率均高于IgM阳性率。结论孕妇和新生儿之间存在人疱疹病毒的垂直传播情况,孕妇应加强孕期疱疹病毒的筛查并尽早注射疫苗,以降低新生儿人疱疹病毒的感染率,这对于提高新生儿生存质量和健康水平具有重要意义。
范雪萌[4]（2020）在《基于粒度计算的动态生物网络建模及应用》文中研究表明生物大数据使得关于生物机制的研究可以从数据分析的角度入手,多方面揭示分子调控机制。然而海量的高通量数据也给数据分析带来了难度。与此同时,生物功能的复杂性也要求使用更合适的建模方式,以准确地描述分子机制内部复杂的结构。网络方法能够描述分子相互作用,以图的形式展现分子调控系统。而粒度计算理论广泛应用于提取系统结构,有助于从不同层次理解分子如何通过协同实现具体的生命过程。本文基于粗粒化思想,结合网络分析方法认识疾病动态发展过程中的分子调控机制,主要探讨了肺腺癌预测基因的选取、小鼠Ⅱ型糖尿病发展机制和结肠癌血行转移过程中循环癌细胞（CTC）、自然杀伤细胞（NK细胞）和血小板之间的通讯网络。主要内容如下:在第二章中,为了提取预测基因用于对肿瘤与正常样本进行分类,本章提出一种基于格兰杰因果关系检验和逐步特征选择的预测基因选择方法,其设计目标是最大限度提高分类精度和减少预测因子数量。首先,基于甲基化、基因表达和miRNA表达数据构建基因相互作用网络,并通过差异表达分析获得差异基因。进一步,通过网络分析,选取中心节点作为特征基因。最后,利用格兰杰因果检验和皮尔逊相关检验对特征基因进行筛选;提出基于随机森林分类模型的逐步特征选择算法,用于从特征基因集中识别最终的预测基因。最终得到6个预测基因:TOP2A、GRK5、SIRT7、MCM7、EGFR和COL1A2。将算法应用于6个独立验证集以检验模型的鲁棒性。最终得到的预测精度最低95.3%最高100%,表明所提方法在分类肺腺癌和正常样本上的能力,这对于缩短临床诊断时间具有重要意义。在第三章中,基于时间序列基因表达数据,探索小鼠Ⅱ型糖尿病（T2D）的动态演变过程。提出针对疾病演变过程的分析框架,称为VD-analysis。具体地,传统的动态网络方法将疾病发展过程看作由多个帧组成的“动画”,其中每个帧代表疾病的一个暂时状态,用一张基因-基因相互作用网络（GGN）表示。然而,动态网络方法也存在缺陷,即未能分析两个相邻状态之间的演化关系。本文所提出的VD-analysis框架对动态网络方法进行了改进。具体地,对每个暂态网络进行模块识别操作并量化相邻暂态GGN中模块的进化关系,进而推测疾病的内在驱动机制。另外,VD-analysis首次采用三基因结构——V-结构——作为单元代表整个模块,揭示在疾病发展过程中的关键分子调控机制。结果表明,小鼠T2D在驱动通路分布上大致可以分为三个阶段:前期、转移时期和后期,并对应每个阶段识别出V-结构标志物。综上所述,VD-analysis能够描述动态疾病进展,并且,V-结构的生物标志物有助于疾病的治疗。在第四章中,同时考虑细胞内特异性网络和细胞间通讯网络,研究结肠癌转移过程中CTC、NK细胞和血小板间的信号传递机制。首先,根据每个细胞的表达基因的差异,构建胞内特异性基因相互作用网络。其次,对于两个细胞,将两个胞内特异性网络根据配体-受体相互作用关系进行连接,形成整体的细胞通讯网络。进一步,改进了基于层次聚类的模块提取算法,将其应用于识别胞内特异性网络。最后利用随机游走计算两细胞中模块的关联性。模型找到了各个细胞负责释放信号及接受外界信号发挥功能的模块和关键配体-受体关系,并利用逐步特征选择算法提取了能够区分结肠癌转移样本和正常样本的预测基因,即LIMK2、ARHGEF6、F2RL1和ITGA8,预测精度可达98.42%。ROC曲线也表明了该预测模型的有效性（AUC=0.78）。综上所述,考虑到分子调控机制的整体性,同时分析胞内和胞间分子相互作用关系对于研究癌转移过程中细胞间功能协同具有重要意义。
费越越[5]（2020）在《鲤疱疹病毒Ⅱ型感染细胞过程中miRNA、mRNA和蛋白表达之间的互作分析》文中提出异育银鲫（Carassius auratus gibelio）养殖产业深受鲤疱疹病毒Ⅱ型（Cyprinid herpesvirus 2,CyHV-2）的影响。截至目前,异育银鲫与CyHV-2相互作用的分子机制仍然未知。鱼类细胞为鱼类病毒的研究提供良好的操作平台。miRNA,mRNA和蛋白质的互作分析,为进一步探究病毒与宿主的作用关系提供了新的视角。本文从宿主（GiCF）的角度出发,探究CyHV-2侵染异育银鲫尾鳍细胞（GiCF）不同时间,GiCF的miRNA、mRNA和蛋白质的差异表达状况,为研究GiCF免疫调控网络及CyHV-2侵染与致病机理提供线索。基于以上陈述,已取得的研究成果如下:（1）内参基因的稳定性筛选本实验筛选异育银鲫的内参基因,为下一章的高通量测序结果的准确性提供保障。内参基因理论上是在不同条件下都保持相对稳定的水平。然而不同条件下,都稳定表达的基因几乎是不存在的。因此,为了提高定量PCR结果的准确性,筛选不同处理条件下的内参基因是必不可少的。经在线软件ge Norm、Norm Finder、Best Keeper和Delta Ct的排序结合Ct值以及ge Norm稳定值的分析,最终结果显示β-actin和EF-1α可作为健康异育银鲫不同组织中的内参基因;CyHV-2感染肾脏和GiCF不同时间,β-actin为其内参基因;CyHV-2感染脾脏组织不同时间,EF-1α稳定性最佳。异育银鲫肾脏组织不同感染时间PIN1的表达分析也进一步证实了其内参基因的准确性。（2）miRNA和mRNA的联合分析利用Illuminc Hiscq 4000测序平台构建了对照组（A1,A2,A3）,感染48 h组（B1,B2,B3）和感染96 h组（C1,C2,C3）的9个sRNA文库和mRNA文库。mRNA文库获得781844440 Clean reads,经Trinity拼接获得了292228条平均长度约为736.65的unigene。sRNA文库总计获得27,014,779 Clean reads,与miRNABase中所有动物的miRNA进行比对,总共鉴定出1046个成熟的miRNA（Known miRNA 409种,Novel miRNA 631种）。Known miRNA中有28个miRNA参与20种免疫相关通路。与鲁建飞2018年发现的异育银鲫肾脏组织水平miRNA测序结果进行比对,7个miRNA在体内和体外同时具有显着性差异（参考鲁建飞文章设置差异筛选条件,P<0.01）。为了尽可能获得差异较显着的miRNA,我们设置更为精确的差异筛选条件:|log2FC|>1,TPM>10,P<0.01。对Known miRNA进行差异表达分析,通过RT-q PCR最终筛选验证了7个显着差异表达miRNA（5个下调和2个上调）,绘制了miRNA及其靶向mRNA的相互作用网络图,并验证其中参与免疫相关通路的6个潜在mRNA靶标。这些受调控的miRNA的靶标预测和功能分析表明:受CyHV-2侵染的影响,宿主（GiCF细胞）水平差异表达miRNA参与PPAR信号通路,p53信号通路和Fox O信号通路。（3）mRNA转录组和蛋白组的联合分析为进一步探究CyHV-2侵染GiCF的分子机制以及宿主相应的免疫机理,本章通过转录组测序技术和TMT标记定量蛋白质组学技术,筛选经CyHV-2侵染48 h和96 h后GiCF细胞水平差异表达的基因和蛋白。结果表明:与对照组相比,CyHV-2侵染GiCF细胞48 h有11335个差异表达mRNA;CyHV-2侵染GiCF细胞96 h有19421差异表达mRNA。蛋白质组学分析显示:总计鉴定出9008个蛋白质。与对照组相比,CyHV-2侵染GiCF细胞48 h有169个差异蛋白;CyHV-2侵染GiCF细胞96 h有502个差异蛋白。转录组和蛋白组联合分析结果表明:与对照组相比,在CyHV-2侵染GiCF细胞48 h和96 h分别有10和158个差异共表达基因（c DEGs）。其中GNG7,Casease8的差异共表达显着上调,HSP90A,CD140,RRM2,THBS1,BTF3,RAB7A和CNTFR的差异共表达显着下调,这表明CyHV-2感染后,PI3k-AKT,凋亡和代谢途径被激活,吞噬和JAK-STAT传导途径被抑制。QPCR结果进一步显示这些条信号通路中相关基因在CyHV-2感染后不同时间变化趋势和蛋白的变化趋势一致。
姜天团[6]（2019）在《C型产气荚膜梭菌致仔猪腹泻的蛋白质组学研究及其与转录组数据的联合分析》文中研究说明腹泻是导致仔猪生产性能低下的肠道疾病,给养猪业造成巨大的经济损失。C型产气荚膜梭菌（Clostridium perfringens type C）是引起仔猪细菌性腹泻的常见病原菌之一,该菌经口感染仔猪,在肠道中大量繁殖,并通过释放多种毒素破坏肠道组织,最终导致仔猪腹泻。尽管使用药物或接种疫苗控制仔猪C型产气荚膜梭菌性腹泻取得一定的效果,但长期使用药物容易引发药物残留问题,同时可能导致病原菌药物耐受性增强,出现毒性更强的变异菌株,给健康养殖与食品安全带来巨大风险。研究表明,个体的遗传基础差异与病原菌感染的抗性/易感性密切相关。同时,个体在响应病原菌感染过程中亦会启动免疫应答、代谢调控等生物过程,此过程涉及大量蛋白的表达变化及关键信号通路的激活或关闭。因此,为了从整体水平上了解仔猪耐受C型产气荚膜梭菌性腹泻的生物学事件,解析C型产气荚膜梭菌抗性仔猪的遗传基础,本研究以7日龄二元仔猪为研究对象,使用C型产气荚膜梭菌培养液对25头仔猪进行攻毒试验,根据仔猪腹泻总评分高低,分别挑选3头仔猪作为易感组（IS）及耐受组（IR）,灌服未接种菌株培养液的3头仔猪作为对照组（IC）,主要开展以下研究:（1）利用Label-free定量蛋白质组学技术和生物信息学技术鉴定与筛选IR、IS和IC三组仔猪回肠组织中的蛋白表达谱和差异表达蛋白,并对差异表达蛋白进行GO和KEGG信号通路富集分析;（2）联合蛋白质组数据与前期RNA-Seq测序数据,筛选IR vs IS、IS vs IC和IR vs IS对比组仔猪回肠组织中mRNA水平与蛋白水平的关联基因及共表达基因,并利用生物信息学技术对共表达基因进行GO和KEGG信号通路富集分析,探索仔猪耐受/易感C型产气荚膜梭菌性腹泻的分子调控机制。主要研究结果如下:1.IR、IS和IC三组仔猪回肠组织共鉴定到38899个肽段,蛋白数量分别为4327个、4391个和4262个。IR vs IC对比组显着上调蛋白59个,显着下调蛋白52个,特异性表达蛋白178个;IS vs IC对比组显着上调蛋白154个,显着下调蛋白85个,特异性表达蛋白210个;IR vs IS对比组显着上调蛋白10个,显着下调蛋白7个,特异性表达蛋白120个。2.IR、IS和IC组之间仔猪回肠组织差异表达蛋白的GO功能与KEGG信号通路富集分析结果显示:（1）IR vs IC对比组差异表达蛋白显着富集在112个GO功能,主要参与免疫系统发育、钠离子转运调节、细胞增殖和死亡等,涉及一些免疫相关蛋白、受体,如S100蛋白家族S100A2、SLA-2和跨膜蛋白CD82等;KEGG信号通路富集分析结果显示,差异表达蛋白显着富集在细胞粘附分子、碳水化合物消化与吸收、类固醇激素生物合成等3条信号通路,涉及细胞间粘附分子前体ICAM1、MHC?类抗原SLA-8和闭合蛋白OCLN等,这些GO功能与KEGG信号通路可能在仔猪耐受C型产气荚膜梭菌性腹泻中发挥生物学效应。（2）IS vs IC对比组差异表达蛋白显着富集在336个GO功能,主要参与抗原处理与表达、脂质转运与MHC蛋白复合物等,涉及的蛋白包括SLA-1、SLA-DQA、髓样分化蛋白MyD88与肌动蛋白等;KEGG信号通路富集分析结果显示,差异表达蛋白显着富集在金黄色葡萄球菌感染、细胞粘附分子和细胞色素P450对外源生物的代谢作用等16条信号通路,这些GO功能与KEGG信号通路可能与仔猪对C型产气荚膜梭菌的易感性相关。（3）IR vs IS对比组差异表达蛋白显着富集在126个GO功能,主要参与MHC蛋白复合物、对细菌的防御响应、抗原处理与呈递等,涉及的蛋白包括MHC Ⅰ、Ⅱ类抗原SLA-1、IL-6与干扰素诱导溶酶体硫醇还原酶IFI30等;KEGG信号通路富集分析结果显示,差异表达蛋白除了显着富集在蛋白质消化吸收和胰腺分泌两条信号通路,还富集在NOD样受体信号通路、NF-κB信号通路与Toll样受体等信号通路,这些GO功能与KEGG信号通路可能解析了仔猪耐受/易感C型产气荚膜梭菌的分子遗传基础。3.通过对IR vs IS、IS vs IC和IR vs IS三个对比组仔猪回肠组织mRNA与蛋白联合分析,发现各对比组关联上的基因分别为3945个、3930个和4013个,其中共表达基因分别为69个、120个和0个。4.IR vs IC和IS vs IC两个对比组仔猪回肠组织mRNA与蛋白水平共表达基因的GO功能与KEGG信号通路富集分析结果显示:（1）IR vs IC对比组共上调表达基因显着富集在108个GO功能,主要参与ATP合成、催化活性与急性炎症反应等,涉及能量代谢与免疫相关蛋白;共上调表达基因显着富集在能量代谢、过氧化物酶体与内吞作用等14条信号通路,涉及Saa2、Itih4与Slc15a1等基因。共下调表达基因显着富集在65个GO功能,主要参与转录因子结合、生物合成过程调控与对细菌的反应等,涉及Ocln、Mbnl与Elmo1等基因。（2）IS vs IC对比组共上调表达基因显着富集在129个GO功能,主要参与细胞膜结构、离子转运体活性与有机物转运等,显着富集的信号通路包括代谢途径、脂肪酸降解与过氧化物酶体等20条;共下调表达基因显着富集在143个GO功能,主要参与整合素复合物、T细胞受体与MHC分子结合在抗原提呈细胞上的活化、免疫系统过程等,显着富集的信号通路包括T细胞白血病病毒1型感染、金黄色葡萄球菌感染、RAPI信号通路与肌动蛋白细胞骨架的调节等20条,涉及Apbb1ip、Stat5与Alox15等基因。综上,通过对仔猪回肠组织进行蛋白质组学研究及其与转录组数据的联合分析,推测能量代谢、免疫响应、细胞膜结构、肠道炎症等方面的变化可能介导仔猪对C型产气荚膜梭菌的耐受性或易感性,涉及的Apbb1ip、Stat5和Wipf1等基因在C型产气荚膜梭菌性腹泻中可能发挥重要调控作用。本研究结果为仔猪耐受C型产气荚膜梭菌性腹泻的分子调控机制与腹泻抗性猪品系的分子辅助育种提供重要参考。
李龙[7]（2019）在《和厚朴酚抗疱疹病毒的作用机制研究与STAT3在MHV68感染中的作用分析》文中认为疱疹病毒家族是一种能够在宿主体内建立终身潜伏感染的重要病原体。目前疱疹病毒感染在全球人群中的血清阳性率在20%95%,发病率在发展中国家可能会更高。例如全球超过三分之二的人都感染了单纯疱疹病毒（HSV）,超过90%的人群都感染了巨细胞病毒（HCMV）,一半以上的人群感染了EB病毒（EBV）或则卡波西氏肉瘤相关疱疹病毒（KSHV）。疱疹病毒在人体内原发性感染或者周期性的重激活都会导致不同的临床疾病,包括口唇疱疹、疱疹性角膜炎、疱疹性脑炎、淋巴瘤、卡波西肉瘤等。在免疫力低下的人群感染疱疹病毒后会导致更为严重的结果,如不可恢复性神经损伤、失明、甚至死亡。目前临床上除了水痘-带状疱疹病毒具有预防性疫苗,大部分疱疹病毒包括HSV-1、KSHV等均无有效的疫苗。临床上治疗用的药物大部分是针对疱疹病毒的DNA聚合酶发挥出抗病毒作用,无法规避耐药性毒株的出现,并且这些抗病毒药物具有较大副作用。因此,继续寻找新的抗疱疹病毒药物就显得很有意义。本研究主要包括两部分工作,第一部分是探究中草药活性成分和厚朴酚抗疱疹病毒作用及其作用机制。第二部分工作初步探究了STAT3与MHV68从头感染之间的关系。中草药活性成分和厚朴酚是一种具有多种药理学活性的新木质素,能够发挥着抗肿瘤、抗炎症、抗血栓形成、抗微生物感染等功能,然而其在抗病毒感染方面的研究却非常有限。本文通过融合表达了荧光蛋白基因的重组病毒包括HSV-1-GFP、KSHV-RGB-BAC16、MHV68-H2b-YFP等构建方便检测的疱疹病毒感染模型。借助于荧光显微镜观察、实时定量PCR技术和蛋白免疫印迹技术等首次发现和厚朴酚具有抗疱疹病毒的作用,不仅可以抑制人的阿尔法型疱疹病毒（HSV-1）和伽马型疱疹病毒（KSHV）,也可以抗小鼠疱疹病毒（MHV68）。初步结果显示和厚朴酚抗HSV-1是通过抑制DNA复制,基因表达,病毒颗粒产生,并且对于病毒的入侵过程没有影响。疱疹病毒感染和宿主因子之间存在着密切关系,这对于抗疱疹病毒治疗非常有意义。STAT3具有信号转导和转录激活双功能,在病毒感染过程作用复杂。事实上,许多药物活性成分可以通过抑制STAT3信号通路中的靶点发挥作用。和厚朴酚是否由此影响疱疹病毒的从头感染尚未可知,在解决这个问题之前我们首先想探究清楚STAT3信号通路和MHV68从头感染的关系。在本文的第二部分我们发现抑制了JAK-STAT3信号通路可以导致MHV68感染能力下降,并构建过表达STAT3的小鼠胚胎成纤维母细胞系,为研究STAT3与MHV68感染提供了方便。结果过表达STAT3与STAT3C（STAT3持续性激活形式）均能够显着增加MHV68感染;并促进其重激活。这两部分原创性的研究描述了一种潜在的抗疱疹病毒感染药物和厚朴酚及其作用机制。初步探究STAT3可以增强MHV68从头感染,促进MHV68重激活。这将为探究MHV68感染和宿主转录因子STAT3之间相互影响的分子机制奠定基础;也为进一步探究和厚朴酚抗疱疹病毒作用机制铺平道路。
刘桂友[8]（2019）在《基于生物信息学方法的阿尔茨海默病相关遗传变异研究》文中指出阿尔茨海默病（Alzheimer’s disease,AD）是一种常见的神经系统退行性疾病。随着世界及我国人口日趋老龄化,AD困扰着我国数百万家庭,因此针对AD的基础与应用研究具有重要的意义。近年来,随着高通量基因芯片及基因组测序技术的发展,对AD遗传影响因素的研究日益深入,然而72%的AD遗传因素仍然未知,目前尚无有效的药物治疗AD,因此,深入探寻疾病相关的遗传因素和可控环境因素,可为AD风险评估和早期诊断提供理论依据。本文基于生物信息学方法,分析了基因组、转录组、影像学、病理学、社会环境、生理环境等多组学数据。在遗传因素研究方面,深入研究了AD相关的遗传变异显着富集的生物学通路、不同人群间的遗传异质性、调控的靶基因及其对病理特征的影响。在环境因素研究方面,深入研究了AD相关的社会和生理环境因素。针对72%的AD遗传因素未知这一研究现状,本文提出样本量增大有助于发现AD潜在遗传因素的观点。为验证这一观点,本文基于大样本量的GWAS数据和599个非独立的AD遗传变异（P<5.00E-08）为研究对象,识别了AD相关的生物学通路,进一步发现了免疫、脂类代谢生物学通路与AD的相关性、5个细菌及病毒感染相关的生物学通路与AD的相关性,其中包含Herpes simplex infection（单纯疱疹病毒,hsa05168）、Tuberculosis（肺结核,hsa05152）、Epstein-Barr virus infection（Epstein-Barr病毒,hsa05169）、Staphylococcus aureus infection（金黄色葡萄球菌,hsa05150）、Influenza A（A型流感病毒,hsa05164）。以上研究发现为深入理解AD发病机制提供了新的思路。针对全基因组关联分析识别的AD遗传变异全部位于基因组的非编码区且其功能未知现状,本文提出一种假设,即位于基因组非编码区的AD遗传变异通过调控靶基因的表达来行使其生物功能、影响AD病理特征。为验证这一假设,本文从599个非独立的AD遗传变异中选取22个独立的AD遗传变异,首先对22个AD遗传变异进行表观遗传学功能预测分析,发现AD遗传变异在外周血中激活。在此基础上,基于全基因组关联分析的22个AD遗传变异中,11个AD遗传变异（rs35349669、rs6733839、rs10948363、rs11771145、rs2718058、rs28834970、rs2373115、rs983392、rs10498633、rs6656401、rs190982）在外周血中显着调控靶基因表达、5个遗传变异（rs6656401、rs1476679、rs9331896、rs10838725、rs7274581）在认知正常个体脑组织中显着调控靶基因表达、2个遗传变异（rs6656401和rs2373115）在认知障碍个体脑组织中显着调控靶基因表达。基于病理学数据研究,发现仅rs190982变异对认知功能有显着影响。以上结果表明,AD遗传变异倾向于在外周血中调控靶基因表达,为深入理解疾病的致病机制提供了新线索。针对AD相关遗传变异在中国人群和欧美人群中存在不一致性的问题,本文从22个独立的AD遗传变异中选取rs3851179、rs3865444、rs2373115、rs11767557变异,通过大量的文献检索和大样本数据分析,评估上述AD相关遗传变异在中国人群中的AD易感性,同时比较其在中国人群和欧美人群中的遗传差异,发现rs3851179变异在中国人群中和AD显着相关、在中国人群和欧美人群中不存在群体遗传差异,而rs3865444、rs2373115、rs11767557变异在中国人群中与AD无显着关联、且在中国人群和欧美人群中存在群体遗传差异。基于以上发现,可以得出群体遗传异质性是引起中国AD候选基因研究结果不一致的主要原因,为深入研究我国AD特异遗传变异提供了理论基础。针对AD是遗传因素和环境因素共同作用所引起这一假说,本文在以上遗传研究的基础上,进一步识别了影响AD的社会和生理环境因素。基于大样本全基因组关联研究数据和孟德尔随机化方法,评估了社会和生理环境因素（个体教育程度、血液中钙水平和维生素E水平）对AD的影响。研究发现,在一般人群中,个体受教育年限每增加4.2年、个体患AD风险减少大约35%;血钙水平每增加0.5-mg/dL、个体患AD风险减少大约44%;个体维生素E水平的高低与AD风险无显着因果关联。以上发现为AD可控风险因素的识别提供了新线索和新思路。综上,本文基于生物信息学方法,深入研究了AD相关的遗传因素和环境因素。在遗传因素方面,研究发现:AD遗传变异显着富集在免疫、脂类代谢、细菌及病毒感染通路中;AD遗传变异倾向于在外周血中调控靶基因表达;AD相关的遗传变异在中国和欧美人群中具有群体遗传差异性;在环境因素方面,研究发现较长的受教育年限和较高的血钙水平有助于减少个体罹患AD的风险。以上研究结果将为深入研究AD发病机制和早期预防提供坚实的理论基础。
王海语[9]（2019）在《白血病和骨髓增生异常综合征患者EB病毒编码基因变异亚型分析》文中研究说明目的和背景:EB病毒（Epstein-Barr virus,EBV）是重要的DNA肿瘤病毒,与鼻咽癌、胃癌和淋巴瘤等多种肿瘤的发生发展密切相关。近年来,有学者对EBV感染与白血病的关系进行了研究,结果显示EBV独特的表达模式是B细胞特殊分化窗口的标志,可导致慢性白血病;也有研究发现EBV感染与急性白血病的发生相关。然而,关于EBV在血液肿瘤中的潜在作用目前仍不清楚。我们以往曾对山东地区鼻咽癌、胃癌、淋巴瘤以及健康人群中多个EBV编码基因的多态性进行了研究,但尚不清楚EBV编码基因在恶性血液病中的变异情况及其生物学意义。本研究检测了白血病和骨髓增生异常综合征（myelodysplastic syndrome,MDS）病人中EBV 1/2分型、F/f分型、EBV编码小RNA（EBV-encoded small RNAs,EBERs）基因和膜潜伏蛋白1（latent membrane protein 1,LMP1）基因多态性,探讨其与血液肿瘤的关系。方法:选取青岛地区白血病病人313例和骨髓增生异常综合征（MDS）病人99例作为研究对象,取病人外周血标本4 m L,乙二胺四乙酸（Ethylene diamine tetraacetic acid,EDTA）抗凝,1200 r/min离心10 min,吸取中间白细胞层,采用蛋白酶K消化法和酚氯仿法提取细胞DNA。采用巢式聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）技术分析EBV 1/2分型,采用PCR结合限制性片段长度多态性（PCR-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP）分析可区分F/f变异,PCR结合DNA测序检测分析EBERs基因和LMP1基因多态性。应用DNAStar软件对EBER和LMP1基因核苷酸及编码氨基酸序列进行对比分析,与EBV标准株B95-8序列比较,根据其特征性改变对变异进行分类。结果:（1）白血病、MDS患者和健康人群1型EBV的检出率分别为73.8%（59/80）、88.2%（30/34）和78.9%（45/57）;2型EBV检出率分别为8.7%（7/80）、8.8%（3/34）和17.6%（10/57）,1+2型EBV检出率分别为17.5%（14/80）、3%（1/34）和3.5%（2/57）;（2）F型EBV在白血病、MDS患者和健康人群中的检出率分别为98.8%（82/83）、93.3%（28/30）和94.2%（98/104）,f型EBV在白血病、MDS患者和健康人群中的检出率分别为1.2%（1/83）、6.7%（2/30）和5.8%（6/104）;白血病、MDS患者和健康人群中1/2分型、F/f分型的分布比较显示差异无统计学意义（P>0.05）;（3）白血病、MDS和健康人群中EBERs的主要基因型为EB-6m型,其检出率分别为73.2%（30/41）、83.3%（10/12）和96.7%（89/92）,白血病、MDS与同一地区健康人群之间EBERs基因变异类型的分布不同,差异有统计学意义（P<0.05）;（4）白血病、MDS和健康人群中LMP1的主要亚型为China 1、XhoⅠ（-）和del-LMP1;（5）China 1亚型在白血病、MDS和健康人群中的检出率分别为70%（28/40）、90%（9/10）和69.8%（30/43）,白血病、MDS与健康人群之间LMP1基因变异类型的分布亦无显着性差异（P>0.05）;XhoⅠ（-）变异在白血病、MDS和健康人群中的检出率分别为75%（30/40）、90%（9/10）和74.4%（32/43）,差异无显着性（P>0.05）;del-LMP1变异在白血病、MDS和健康人群中的检出率分别为77.5%（31/40）、90%（9/10）和69.8%（30/43）,差异无显着性（P>0.05）。结论:（1）青岛地区白血病和MDS的EBV基因型以1型和F型为主;（2）EBERs基因EB-6m亚型是白血病和MDS患者中最常见的类型;（3）白血病和MDS中LMP1的主要亚型为China 1、XhoⅠ（-）和del-LMP1,3种变异型在白血病、MDS和以往健康人群中的分布无显着性差异,提示携带3种变异型EBV毒株可能与白血病和MDS的发生无关。
马建强[10]（2011）在《异基因造血干细胞移植人疱疹病毒7型感染的研究》文中提出人疱疹病毒7型（HHV-7）,属于β-疱疹病毒家族（DNA病毒）。该病毒具有潜伏感染的特点,世界各地的流行病学调查显示,不同地区人群血液和唾液中阳性率达17%～96%,提示HHV-7是一种普遍存在的病毒。HHV-7感染与幼儿急疹、中枢神经系统感染、器官移植、慢性EB病毒样感染、疲劳综合征和获得性免疫缺陷综合征患者的合并感染、扁平苔藓相关。其原发感染与幼儿急疹有关,原发感染后病毒可在体内长期潜伏,器官移植后患者HHV-7可能出现再活化。本项研究旨在建立实时荧光定量PCR（RT-PCR）检测人类疱疹病毒7型（HHV-7）方法并评价其敏感性和特异性,从而定量测量临床标本,对异基因造血干细胞移植(（allo-HSCT）感染情况进行研究。1实时荧光定量PCR检测人类疱疹病毒7型方法的建立目的建立实时定量PCR检测人类疱疹病毒7型的方法,用于临床HHV-7的基因定量检测。方法依据HHV-7基因序列设计引物和探针,扩增HHV-7特异的基因片段,克隆重组到pGM-T载体,基因序列测定,重组质粒作为标准品,建立标准曲线,进行灵敏度和特异性的检测。结果PCR扩增获得128bp片段,序列测定重组质粒含有特异的HHV-7基因序列,标准曲线的相关系数为0.9989,实时定量PCR扩增效率为95.86%,检测灵敏度为20 copies/反应体系。结论成功建立了HHV-7基因实时定量PCR检测的方法,具有高度敏感性和特异性,可用于临床和科研标本HHV-7的基因定量检测。2异基因造血干细胞移植人疱疹病毒7型感染的研究目的探索HHV-7在异基因造血干细胞移植患者的感染现状。方法采集40例allo-HSCT移植前和移植后患者外周血标本384份以及40份供者标本。采用实时荧光定量PCR检测供者以及移植前和移植后患者人类疱疹病毒7型。结果40位allo-HSCT供者DNA阳性率为32.5%（13/40）,病毒载量中位数为271EqCop/106PBC（37～1095）；40位allo-HSCT受者,移植前DNA阳性率为37.5%（15/40）,病毒载量中位数为285EqCop/106PBC（47～3764）；40位allo-HSCT受者,344份标本中,移植后DNA标本阳性率43.90%（151/344）,病毒载量中位数为457EqCop/106PBC（41～5218）,显着高于供者病毒载量（p<0.05）。HHV-7 DNA阳性率与性别、年龄、基础疾病等无显着相关性。受者移植后HHV-7感染与供者、受者移植前感染显着相关（p<0.05）。结论HHV-7感染在allo-HSCT后患者中很常见,其病毒载量高于供者。供者、受者移植前HHV-7阳性者,受者移植后HHV-7更容易发生感染,因而供者、受者移植前HHV-7阳性者,移植后患者需要检测HHV-7。
二、人疱疹病毒6型感染与白血病关系的初步研究（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、人疱疹病毒6型感染与白血病关系的初步研究（论文提纲范文）
（1）脐血干细胞移植术后并发HHV-6B病毒性脑脊髓炎病人的护理（论文提纲范文）
| 1 临床资料 |
| 2 护理 |
| 2.1 脐血干细胞回输的护理 |
| 2.2 病毒性脑炎的护理 |
| 2.2.1 症状性癫痫 |
| 2.2.2 精神障碍 |
| 2.3 病毒性脊髓炎的护理 |
| 2.3.1 出汗护理 |
| 2.3.2 疼痛护理 |
| 2.3.3 膀胱、肠道护理 |
| 2.4 预防感染 |
| 2.5 用药护理 |
| 2.5.1 抗病毒药物 |
| 2.5.2 抗癫痫药物 |
| 2.5.3 免疫抑制剂 |
| 2.6 心理护理 |
| 3 小结 |
（2）宏基因二代测序技术在某三甲医院PICU对感染性疾病患儿的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 研究对象与方法 |
| 1 调查对象 |
| 1.1 纳入标准 |
| 1.2 排除标准 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 标本采集 |
| 3 技术路线图 |
| 4 统计学处理 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 综述 宏基因组学检测技术对感染性疾病的临床应用研究进展分析 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 |
| 新疆医科大学硕士研究生学位论文导师评阅表 |
（3）母亲与新生儿人疱疹病毒感染研究（论文提纲范文）
| 1 对象与方法 |
| 1.1 对象 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 血液DNA提取 |
| 1.2.2 巢式PCR检测 |
| 1.2.3 新生儿IgM和IgG检测 |
| 1.3 统计分析 |
| 2 结 果 |
| 2.1 孕妇人疱疹病毒感染情况 |
| 2.2 新生儿人疱疹病毒感染情况 |
| 2.3 新生儿人疱疹病毒IgM和IgG检测情况 |
| 3 讨 论 |
（4）基于粒度计算的动态生物网络建模及应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 生物大数据 |
| 1.1.1 多组学的生物大数据 |
| 1.1.2 生物大数据的呈现形式 |
| 1.2 粒度计算理论 |
| 1.2.1 粒度计算与商空间理论 |
| 1.2.2 粒度计算理论与生物大数据处理 |
| 1.3 生物网络 |
| 1.3.1 单层生物网络 |
| 1.3.2 动态生物网络 |
| 1.3.3 组织/细胞特异性网络 |
| 1.4 本文的组织结构和创新点 |
| 1.4.1 本文的组织结构 |
| 1.4.2 创新点 |
| 第二章 基于差异基因互作网络的预测基因选择 |
| 2.1 差异基因网络的构建 |
| 2.1.1 数据采集和差异分析 |
| 2.1.2 差异基因相互作用网络的构建 |
| 2.1.3 因果检验 |
| 2.2 全局调控基因搜索算法 |
| 2.3 逐步特征选择算法 |
| 2.4 结果与分析 |
| 2.4.1 差异表达基因的选取 |
| 2.4.2 相互作用网络的构建和特征基因的选取 |
| 2.4.3 预测基因的选取 |
| 2.5 本章小结 |
| 第三章 基于动态网络的II型糖尿病发展阶段的研究 |
| 3.1 动态网络的构建 |
| 3.1.1 V-结构在原图和线图中的组成 |
| 3.1.2 构建暂态基因相互作用网络并转化为相应的线图 |
| 3.2 识别各暂态网络中扰动通路 |
| 3.2.1 基于峰点-附加算法提取核心模块 |
| 3.2.2 通过网络相关性识别扰动通路 |
| 3.3 识别驱动V-结构 |
| 3.4 结果与分析 |
| 3.4.1 时间序列的基因表达数据 |
| 3.4.2 受扰动通路分布和T2D发展过程的分期 |
| 3.4.3 小鼠在不同的阶段的状态特征与功能分析 |
| 3.4.4 驱动通路主要分布分析 |
| 3.4.5 基于驱动V-结构的状态转移生物标志物 |
| 3.4.6 受扰动通路、驱动通路和驱动V-结构的关系 |
| 3.5 本章小结 |
| 第四章 肿瘤转移过程中细胞间分子通讯网络的研究 |
| 4.1 网络构建与数据采集 |
| 4.1.1 胞内特异性网络 |
| 4.1.2 细胞间分子网络 |
| 4.2 网络模块提取 |
| 4.3 细胞间模块关联 |
| 4.4 结果与分析 |
| 4.4.1 网络模块提取 |
| 4.4.2 细胞间模块关联 |
| 4.4.3 关键配体-受体相互作用 |
| 4.4.4 癌转移预测基因选取 |
| 4.5 本章小结 |
| 第五章 总结与展望 |
| 5.1 全文总结 |
| 5.2 工作展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录:作者在攻读硕士学位期间发表的论文及参加的学术活动 |
| 附录 |
| 附录A |
| 附录B |
| 附录C |
| 附录D |
| 附录E |
（5）鲤疱疹病毒Ⅱ型感染细胞过程中miRNA、mRNA和蛋白表达之间的互作分析（论文提纲范文）
| 摘要 ABSTRACT 引言 第一章 文献综述 |
| 1.1 异育银鲫概述 |
| 1.1.1 异育银鲫细胞系 |
| 1.1.2 异育银鲫免疫基因 |
| 1.1.3 异育银鲫病害问题 |
| 1.2 鲤疱疹病毒概述 |
| 1.2.1 鲤疱疹病毒Ⅱ型的病原学 |
| 1.2.2 鲤疱疹病毒Ⅱ型的流行病学 |
| 1.2.3 鲤疱疹病毒Ⅱ型的诊断方法 |
| 1.3 内参基因概述 |
| 1.4 .组学技术研究进展 |
| 1.4.1 转录组学研究进展 |
| 1.4.2 microRNA |
| 1.4.3 microRNA的发现和鉴定 |
| 1.4.4 microRNA的功能 |
| 1.4.5 蛋白质组学研究进展 |
| 1.4.6 多组学的应用 |
| 1.5 .研究目的、意义和技术路线 |
| 1.5.1 本论文研究目的和意义 |
| 1.5.2 本文技术路线 第二章 异育银鲫内参基因的筛选 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 异育银鲫和GiCF细胞 |
| 2.1.2 CyHV-2病毒 |
| 2.1.3 主要的试剂和耗材 |
| 2.1.4 主要的仪器和设备 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 攻毒实验 |
| 2.2.2 样品收集 |
| 2.2.3 总RNA的提取和cDNA的合成 |
| 2.2.4 候选内参基因的选择和引物设计 |
| 2.2.5 qRT-PCR试验 |
| 2.2.6 数据分析 |
| 2.2.7 内参基因的验证 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.3.1 引物的特异性评估 |
| 2.3.2 健康异育银鲫不同组织候选内参基因的稳定性评估 |
| 2.3.3 鲤疱疹病毒Ⅱ型感染异育银鲫肾脏不同时间候选内参基因稳定性评估 |
| 2.3.4 CyHV-2感染脾脏不同时间候选内参基因的稳定性评估 |
| 2.3.5 CyHV-2 感染GiCF细胞不同时间候选内参基因的稳定性评估 |
| 2.3.6 内参基因的验证 |
| 2.4 讨论 |
| 小结 第三章 m RNA转录组和小RNA转录组的联合分析 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 异育银尾鳍细胞(GiCF) |
| 3.1.2 CyHV-2病毒 |
| 3.1.3 主要的试剂及耗材 |
| 3.1.4 主要的仪器及设备 |
| 3.2 试验的方法 |
| 3.2.1 攻毒实验 |
| 3.2.2 样品采集 |
| 3.2.3 mRNA转录组高通量测序 |
| 3.2.4 small RNA的高通量测序 |
| 3.2.5 miRNA的靶基因预测 |
| 3.2.6 mi RNA实时荧光定量PCR |
| 3.2.7 数据统计学分析 |
| 3.3 .实验结果 |
| 3.3.1 CyHV-2在GiCF细胞中的复制特征 |
| 3.3.2 总RNA质量检测 |
| 3.3.3 转录组组装结果的评估 |
| 3.3.4 小RNA测序结果的分析 |
| 3.3.5 GiCF细胞中mi RNA的鉴定 |
| 3.3.6 miRNA的保守性分析 |
| 3.3.7 miRNA的差异表达分析 |
| 3.3.8 差异表达miRNA的靶基因及富集分析 |
| 3.3.9 定量验证 |
| 3.4 讨论 |
| 小结 第四章 转录组和蛋白组的联合分析 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.1.1 GiCF细胞 |
| 4.1.2 CyHV-2病毒 |
| 4.1.3 主要的器材和设备 |
| 4.1.4 主要的试剂 |
| 4.2 试验方法 |
| 4.2.1 CyHV-2 侵染GiCF细胞及细胞样品的取样 |
| 4.2.2 mRNA转录组高通量测序 |
| 4.2.3 差异表达基因的鉴定及富集分析 |
| 4.2.4 GiCF细胞总蛋白的提取,浓度测定及胰酶酶解 |
| 4.2.5 GiCF细胞总蛋白TMT标记,HPLC分级,液相色谱-质谱联用分析 |
| 4.2.6 总蛋白数据库搜库 |
| 4.2.7 蛋白组和转录组相关性分析 |
| 4.2.8 测序结果的定量验证 |
| 4.3 .实验结果 |
| 4.3.1 差异表达mRNA和蛋白的鉴定 |
| 4.3.2 差异表达基因和蛋白质的GO功能分析 |
| 4.3.3 GO富集分析 |
| 4.3.4 差异表达蛋白的KEGG功能富集分析 |
| 4.3.5 蛋白组和转录组相关性分析 |
| 4.3.6 差异共表达基因的定量验证 |
| 4.4 讨论 |
| 小结 参考文献 附录 致谢 硕士期间论文发表情况: |
（6）C型产气荚膜梭菌致仔猪腹泻的蛋白质组学研究及其与转录组数据的联合分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Summary |
| 第一章 文献综述 |
| 1 仔猪腹泻的影响因素 |
| 1.1 传染性因素 |
| 1.2 非传染性因素 |
| 2 产气荚膜梭菌概述 |
| 2.1 产气荚膜梭菌的基因组特征 |
| 2.2 产气荚膜梭菌的类型 |
| 2.3 产气荚膜梭菌分泌的毒素 |
| 2.4 C型产气荚膜梭菌 |
| 2.5 C型产气荚膜梭菌的致病机理 |
| 3 转录组学在仔猪腹泻中的研究现状 |
| 3.1 转录组学概述 |
| 3.1.1 RNA-Seq测序技术的研究方法 |
| 3.1.2 RNA-Seq测序技术的工作流程 |
| 3.2 转录组学在仔猪腹泻相关研究中的应用 |
| 3.3 转录组学在仔猪C型产气荚膜梭菌性腹泻研究中的应用 |
| 4 蛋白质组学在仔猪腹泻中的研究现状 |
| 4.1 蛋白质组学概述 |
| 4.1.1 基于光谱计数的Label-free定量蛋白质组学 |
| 4.1.2 基于离子强度的Label-free定量蛋白质组学 |
| 4.2 蛋白质组学在仔猪腹泻相关研究中的应用 |
| 5 蛋白质组学与转录组学联合分析在生物学研究中的应用 |
| 6 研究目的与意义 |
| 第二章 试验材料与方法 |
| 1 试验材料 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.2 仔猪感染C型产气荚膜梭菌试验 |
| 1.3 样品采集 |
| 1.4 实验仪器设备与主要试剂 |
| 1.4.1 实验仪器设备 |
| 1.4.2 主要试剂 |
| 2 试验方法 |
| 2.1 Label-free定量蛋白质组学研究试验方法 |
| 2.1.1 蛋白提取、浓度检测及酶解 |
| 2.1.2 LC-MS/MS数据采集 |
| 2.1.3 蛋白质谱鉴定 |
| 2.1.4 蛋白差异表达分析 |
| 2.1.5 差异表达蛋白生物信息学分析 |
| 2.2 蛋白质组学与转录组测序数据联合分析试验方法 |
| 2.2.1 转录组测序数据统计 |
| 2.2.2 关联基因与共表达基因筛选 |
| 2.2.3 关联基因与共表达基因表达特征分析 |
| 2.2.4 关联基因与共表达基因生物信息学分析 |
| 2.3 RT-qPCR验证实验 |
| 2.3.1 去除基因组DNA |
| 2.3.2 mRNA反转录 |
| 2.3.3 实时荧光定量PCR |
| 第三章 试验结果与讨论 |
| 1 仔猪回肠组织蛋白质组学研究的结果与讨论 |
| 1.1 仔猪回肠组织蛋白质组学研究结果 |
| 1.1.1 仔猪回肠组织蛋白浓度检测结果 |
| 1.1.2 肽段特征与蛋白鉴定结果 |
| 1.1.3 蛋白差异表达分析结果 |
| 1.1.4 差异表达蛋白聚类分析结果 |
| 1.1.5 差异表达蛋白GO功能注释结果 |
| 1.1.6 差异表达蛋白GO功能富集分析结果 |
| 1.1.7 差异表达蛋白KEGG信号通路富集分析结果 |
| 1.2 讨论 |
| 1.3 小结 |
| 2 蛋白质组学与转录组数据联合分析的结果与讨论 |
| 2.1 蛋白质组学与转录组数据联合分析结果 |
| 2.1.1 转录组数据统计结果 |
| 2.1.2 关联基因与共表达基因筛选结果 |
| 2.1.3 关联基因与共表达基因表达特征 |
| 2.1.4 共表达基因GO功能注释结果 |
| 2.1.5 共表达基因GO功能富集分析结果 |
| 2.1.6 共表达基因KEGG信号通路富集分析结果 |
| 2.1.7 差异表达基因RT-qPCR验证结果 |
| 2.2 讨论 |
| 2.3 小结 |
| 第四章 全文结论 |
| 第五章 创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 导师简介 |
（7）和厚朴酚抗疱疹病毒的作用机制研究与STAT3在MHV68感染中的作用分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一部分 和厚朴酚抗疱疹病毒的作用机制研究 |
| 第一章 引言 |
| 1.1 和厚朴酚简介 |
| 1.2 和厚朴酚的药理学功能 |
| 1.2.1 和厚朴酚的抗炎反应 |
| 1.2.2 和厚朴酚的抗氧化功能 |
| 1.2.3 和厚朴酚的抗癌功能 |
| 1.2.4 和厚朴酚的神经保护作用 |
| 1.2.5 和厚朴酚抗微生物感染 |
| 1.2.6 和厚朴酚的抗病毒功能 |
| 1.3 和厚朴酚与STAT3 信号通路 |
| 1.4 疱疹病毒简介 |
| 1.4.1 单纯疱疹病毒1 |
| 1.4.2 卡波西氏肉瘤相关疱疹病毒 |
| 1.4.3 小鼠疱疹病毒68 |
| 1.4.4 疱疹病毒感染的治疗方法 |
| 1.5 研究内容 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 细胞株与毒株 |
| 2.1.1 细胞株 |
| 2.1.2 毒株 |
| 2.2 主要器材和商业化试剂 |
| 2.2.1 实验仪器 |
| 2.2.2 普通试剂 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 病毒学操作技术 |
| 2.3.2 细胞支原体检测和清除 |
| 2.3.3 TCID50 测定病毒滴度 |
| 2.3.4 蛋白质样品检测 |
| 2.3.5 细胞全RNA的抽提和反转录 |
| 2.3.6 实时荧光定量PCR |
| 2.3.7 蛋白与免疫荧光半定量分析 |
| 2.3.8 CCK8 细胞活力检测 |
| 2.3.9 数据统计分析 |
| 第三章 实验结果 |
| 3.1 和厚朴酚能够抑制I型单纯疱疹病毒感染 |
| 3.2 和厚朴酚能够抑制HSV-1的DNA复制和基因表达 |
| 3.3 和厚朴酚对HSV-1 病毒入侵没有影响 |
| 3.4 和厚朴酚抑制HSV-1 病毒的产生 |
| 3.5 和厚朴酚能够增强阿昔洛韦的抗病毒作用 |
| 3.6 和厚朴酚可以抑制卡波西氏肉瘤相关疱疹病毒的感染 |
| 3.7 和厚朴酚抑制小鼠疱疹病毒68 的感染 |
| 第四章 讨论与展望 |
| 4.1 疱疹病毒感染与治疗 |
| 4.2 和厚朴酚抗疱疹病毒感染 |
| 4.3 和厚朴酚抗病毒研究的不足之处 |
| 4.4 和厚朴酚抗病毒研究展望 |
| 第五章 结论 |
| 第二部分 STAT3在MHV68 感染中的作用分析 |
| 第一章 引言 |
| 1.1 信号转导和转录激活因子(STATs) |
| 1.2 信号转导和转录激活因子3(STAT3) |
| 1.2.1 STAT3 简介 |
| 1.2.2 STAT3 的结构 |
| 1.2.3 STAT3 信号通路以及调控 |
| 1.2.4 STAT3 的生物学功能 |
| 1.2.5 开发靶向STAT3 的药物治疗 |
| 1.3 小鼠疱疹病毒 |
| 1.4 研究内容 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 材料与仪器 |
| 2.1.1 细胞与毒株 |
| 2.1.2 质粒 |
| 2.1.3 抗体 |
| 2.1.4 其他试剂 |
| 2.1.5 主要实验仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 MEF细胞的分离与永生化 |
| 2.2.2 慢病毒转导 |
| 2.2.3 常规微生物操作技术 |
| 2.2.4 常规细胞技术 |
| 第三章 实验结果 |
| 3.1 抑制JAK-STAT3 信号通路可以下调MHV68 的从头感染 |
| 3.2 构建稳定表达STAT3和STAT3C的 MEF细胞系 |
| 3.3 过表达STAT3 能增强MHV68 的感染 |
| 3.4 过表达STAT3 能够上调MHV68 基因的表达 |
| 3.5 过表达STAT3 促进MHV68 重激活 |
| 第四章 讨论与展望 |
| 4.1 STAT3 的激活可以促进MHV68 感染 |
| 4.2 STAT3 过表达会促进MHV68 重激活 |
| 4.3 MHV68 感染不会导致STAT3 持续性激活 |
| 4.4 MHV68 感染与STAT3 的关系研究展望 |
| 第五章 结论 |
| 附录Ⅰ 引物列表 |
| 附录Ⅱ 缩略词表 |
| 参考文献 |
| 专业综述:中草药活性成分和厚朴酚研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（8）基于生物信息学方法的阿尔茨海默病相关遗传变异研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 课题背景及研究目的和意义 |
| 1.1.1 课题背景 |
| 1.1.2 研究目的和意义 |
| 1.2 国内外研究现状 |
| 1.2.1 欧美人群AD遗传变异研究进展 |
| 1.2.2 中国人群AD遗传变异研究进展 |
| 1.2.3 AD生物学通路的研究进展 |
| 1.2.4 AD遗传变异对靶基因的调控研究进展 |
| 1.2.5 AD病理特征的研究进展 |
| 1.2.6 AD社会和生理环境因素研究进展 |
| 1.3 本文的主要研究内容和技术路线 |
| 1.3.1 主要研究内容 |
| 1.3.2 技术路线 |
| 第2章 阿尔茨海默病遗传变异的生物学通路研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 AD遗传变异富集分析的数据和方法 |
| 2.2.1 AD GWAS数据来源 |
| 2.2.2 AD风险基因的识别方法 |
| 2.2.3 AD风险通路的识别方法 |
| 2.3 AD遗传变异富集分析结果 |
| 2.3.1 基于KEGG数据库分析结果 |
| 2.3.2 基于GO数据库分析结果 |
| 2.4 本章小结 |
| 第3章 阿尔茨海默病遗传变异的功能研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 AD遗传变异功能机制研究的数据和方法 |
| 3.2.1 AD遗传变异数据来源 |
| 3.2.2 AD遗传变异的表观遗传学研究数据和方法 |
| 3.2.3 AD遗传变异的eQTLs研究数据和方法 |
| 3.2.4 AD遗传变异的病理学研究数据和方法 |
| 3.3 AD遗传变异功能机制研究结果 |
| 3.3.1 AD遗传变异的表观遗传学研究结果 |
| 3.3.2 AD遗传变异的eQTLs研究结果 |
| 3.3.3 AD遗传变异的病理学研究结果 |
| 3.4 本章小结 |
| 第4章 阿尔茨海默病遗传变异的群体遗传差异研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 群体遗传差异研究的数据和方法 |
| 4.2.1 AD遗传变异数据 |
| 4.2.2 群体异质性检验方法 |
| 4.2.3 效应值合并分析方法 |
| 4.2.4 发表偏倚和敏感性分析方法 |
| 4.3 群体遗传差异研究结果 |
| 4.3.1 PICALM基因rs3851179 变异的群体遗传差异研究 |
| 4.3.2 CD33 基因rs3865444 变异的群体遗传差异研究 |
| 4.3.3 GAB2 基因rs2373115 变异的群体遗传差异研究 |
| 4.3.4 EPHA1 基因rs11767557 变异的群体遗传差异研究 |
| 4.4 本章小结 |
| 第5章 阿尔茨海默病社会和生理环境因素识别研究 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 AD社会和生理环境因素识别研究的数据和方法 |
| 5.2.1 AD社会和生理环境数据 |
| 5.2.2 孟德尔随机化假设 |
| 5.2.3 孟德尔随机化基本框架 |
| 5.2.4 孟德尔随机化方法-逆方差加权 |
| 5.2.5 孟德尔随机化方法-MR-Egger |
| 5.2.6 孟德尔随机化方法-weighted median |
| 5.2.7 孟德尔随机化方法-多效性检验 |
| 5.3 AD社会和生理环境因素识别研究结果 |
| 5.3.1 教育程度和AD的孟德尔随机化研究结果 |
| 5.3.2 血钙水平和AD的孟德尔随机化研究结果 |
| 5.3.3 维生素E和 AD的孟德尔随机化研究结果 |
| 5.4 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读博士学位期间发表的论文及其它成果 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（9）白血病和骨髓增生异常综合征患者EB病毒编码基因变异亚型分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 引言 |
| 材料与方法 |
| 1 仪器、试剂和耗材 |
| 1.1 主要仪器 |
| 1.2 主要试剂和耗材 |
| 1.3 常用试剂配制 |
| 2 细胞系的选择 |
| 3 细胞处理 |
| 3.1 首次传代前细胞的复苏 |
| 3.2 细胞传代 |
| 4 研究对象 |
| 4.1 核酸提取 |
| 4.2 EBV阳性标本筛选 |
| 5 1/2 分型、F/f分型检测 |
| 5.1 PCR扩增 |
| 5.2 RFLP分析 |
| 6 EBV潜伏期基因序列多态性检测 |
| 6.1 引物设计 |
| 6.2 EBERs、LMP1 基因扩增 |
| 6.3 测序分析 |
| 7 统计学分析 |
| 结果 |
| 2.1 EBV感染与白血病和MDS临床病理特征的关系 |
| 2.1.1 白血病和MDS病人EBV检出情况 |
| 2.1.2 EBV感染与病人临床病理特征的关系 |
| 2.2 1/2 分型及F/f分型结果 |
| 2.2.1 1/2 分型结果 |
| 2.2.2 F/f分型结果 |
| 2.3 EBER基因序列多态性 |
| 2.3.1 EBER序列变异类型 |
| 2.3.2 EBER变异类型在不同人群中的分布 |
| 2.4 LMP1 基因序列多态性 |
| 2.4.1 LMP1 序列变异类型 |
| 2.4.1.1 B95-8 亚型 |
| 2.4.1.2 China1 亚型 |
| 2.4.1.3 China2 亚型 |
| 2.4.1.4 Med-亚型 |
| 2.4.2 LMP1 亚型在3 组人群中的分布 |
| 2.4.3 XhoⅠ(-)变异及del-LMP1 变异 |
| 2.4.4 LMP1 C末端重复序列变异 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| EB病毒编码基因多态性研究进展 综述 |
| 综述参考文献 |
| 攻读学位期间的学术成果 |
| 缩略词表 |
| 致谢 |
（10）异基因造血干细胞移植人疱疹病毒7型感染的研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略词 |
| 文献综述 |
| 前言 |
| HHV-7的实验室诊断 |
| 造血干细胞移植患者HHV-7载量的研究 |
| 参考文献 |
| 实验一 实时荧光定量PCR检测人类疱疹病毒7型方法的建立 |
| 前言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 参考文献 |
| 实验二 异基因造血干细胞移植人疱疹病毒7型感染的研究 |
| 前言 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
四、人疱疹病毒6型感染与白血病关系的初步研究（论文参考文献）
- [1]脐血干细胞移植术后并发HHV-6B病毒性脑脊髓炎病人的护理[J]. 陈露,涂美娟,卞晓磊,毕珊珊,常婷,朱小玉. 护理研究, 2021(20)
- [2]宏基因二代测序技术在某三甲医院PICU对感染性疾病患儿的应用[D]. 张益萌. 新疆医科大学, 2021(02)
- [3]母亲与新生儿人疱疹病毒感染研究[J]. 代莉,桂丹妮,李珍,王秋萍,赵芳. 中华医院感染学杂志, 2020(17)
- [4]基于粒度计算的动态生物网络建模及应用[D]. 范雪萌. 江南大学, 2020(01)
- [5]鲤疱疹病毒Ⅱ型感染细胞过程中miRNA、mRNA和蛋白表达之间的互作分析[D]. 费越越. 上海海洋大学, 2020(03)
- [6]C型产气荚膜梭菌致仔猪腹泻的蛋白质组学研究及其与转录组数据的联合分析[D]. 姜天团. 甘肃农业大学, 2019
- [7]和厚朴酚抗疱疹病毒的作用机制研究与STAT3在MHV68感染中的作用分析[D]. 李龙. 中国科学院大学(中国科学院上海巴斯德研究所), 2019(07)
- [8]基于生物信息学方法的阿尔茨海默病相关遗传变异研究[D]. 刘桂友. 哈尔滨工业大学, 2019(01)
- [9]白血病和骨髓增生异常综合征患者EB病毒编码基因变异亚型分析[D]. 王海语. 青岛大学, 2019(03)
- [10]异基因造血干细胞移植人疱疹病毒7型感染的研究[D]. 马建强. 北京中医药大学, 2011(09)